启人他们在为留姬准备生日宴会，令留姬很生气，在留姬训启人时，出现了一只奇怪的究极体数码暴龙——寄生兽！它附身在列车型完全体数码暴龙上，并且控制了留姬，打倒了妖狐兽和堕天地狱兽，还将列车型数码暴龙变成了究极体！被轻易打败后，放出无数自己的复制品，孩子们的生命危在旦夕......，此刻，真红莲形态再次出现……

快乐的暑假开始了，启人（津村真琴 配音）为了扫墓来到了风光秀丽的冲绳，在海边，他和阿海（佐伯鹏 配音）一起救下了一位名为美波（三石琴乃 配音）的少女，后者遭到了数码兽的攻击，这些数码兽的目标，似乎是美波所携带的一台笔记本电脑，在电脑里究竟隐藏了怎样的秘密？让启人感到意外的是，美波的遇险催生了数码宝贝石狮兽（津久井教生 配音）的诞生，它的使命为何？ 　　启人发现，在风靡全球的电子宠物V-Pet背后，隐藏着一个惊人的秘密，贪婪邪恶的曼法斯兽企图通过虚拟的数码兽摧毁人类世界，实现它建立数码世界的野心。面对强大的对手，启人和朋友们该何去何从？