金光闪耀的银座最近来了一个迷人的妈妈桑元子（米仓凉子 饰），她的店面有着阔气的装修，前来消费的不是高官就是大款。而她每一次陪伴客人，都会从谈话间搜集与金钱有关的情报，并把一切记录在她的黑色皮革笔记本里。 　　元子以前是银行职员，凭着工作便利搜集了多年来银行内部所有空帐假账的人物名单。在盗用银行一亿两千万日元被行长发现后，便拿出记录了名单的黑色皮革笔记本。 　　元子的目标是要在银座开一家最大最阔气的店，为此不惜牺牲了道义、爱情等人生一切代表美好的字眼。她毫不犹豫地往目标走去。

当一种使人衰弱的疾病在长长的酒店走廊上蔓延时，一些分散的受害者为生存而战，并试图逃离黑暗狭窄的孤立屠杀。

1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 　　另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 　　就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 　　为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 　　哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 　　为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。