十九世纪中叶，维多利亚时代的大英帝国，工业革命方兴未艾，理性与进步似乎凌驾一切，标志了人类文明昂首进步的无限可能。 就在第一次万国博览会揭幕前夕，住在伦敦的13岁少年雷•史汀（铃木杏 Anne Suzuki 配音）突然收到发明家祖父（中村嘉葎雄 Katsuo Nakamura 配音）从美国寄来，称之为“蒸气球”（Steam Ball）的神秘动力装置。同时间，英国情报组织，以及一个名为奥哈拉基金会的黑暗组织，都觊觎“蒸气球”所蕴含的惊人力量。雷因此而突遭一伙身份不明的人的袭击，雷只好带着金属球，踏上逃亡之路。为寻求真相雷来到美国，从父亲艾迪（津嘉山正种 Masatane Tsukayama 配音）口中雷得知“蒸气球”依据全新机械理论所设计，可以产生一种划时代的庞大能源，足以供应整个国家所需。路途中，雷邂逅了美丽的富家千金斯嘉丽（小西真奈美 Manami Konishi 配音）。从小娇生惯养，却偏偏爱上了雷，自愿跟随孤独的雷一起踏上了冒险之旅……所谓的科学，究竟是人们的希望？还是将会毁灭一切。

距今一百年前的日本，流行着一种被称为“虫”的神秘生命体，它无形无色，几乎不属于任何一个科属，却可对人类的精神和身体产生巨大的影响。白发独眼的男人银古（小田切让 饰）天生具有特殊体质，他可以感知到虫的存在，并利用这项技能帮助人排忧解难，因此他又被人们尊称为“虫师”。银古跋山涉水，四处云游，曾遭遇专吃声音的“阿牟”、长着四个角的女孩真火（守山玲愛 饰）、传说中的梦幻彩虹“虹蛇”、必须通过誊写虫的故事来将其封印的“禁种之虫”……在这一过程中，银古也不可避免受到虫的影响……

1988年7月，关东地区使用新型炸弹进行爆破，第三次世界大战即刻爆发。31年后，人类从一片废墟中重建都市，东京湾上建立了巨大城市——新东京。世界仿佛要恢复到以前的繁荣。 　　2019年的一个夜晚，新东京郊外的封闭高速公路上，暴走族团体正在公路上飙车。带头的少年，是一名叫做金 田的职业高中学生。 　　突然，街上出现了一位奇怪的矮个子男子，暴走族少年铁雄为躲避车祸连人带车飞出公路。正当金田要拿那位男子问罪之时，军队驾驶直升飞机赶到。将那位矮个男子与铁雄一起收押。 　　铁雄进入了一个陌生的地方，这里似乎在从事超能力的研究。而金田则在盘算如何营救铁雄。二人都不知道，他们的未来，因为神秘力量——阿基拉而已经开始了巨大的变化。

本片由四个短片组成。《九十九》健硕的手艺人在山中突逢暴雨，他仓促间在一座祠堂歇脚，谁知里面别有洞天。被人用烂丢弃的雨伞和绸缎将他团团围住，手艺人不为所惧，拿出随身携带的针头线脑缝补这些充满悲怨的旧物。《火要镇》商人之女若（早见沙织 配音）和邻家男孩年松吉（森田成一 配音）青梅竹马，两情相悦 。但是家境悬殊的二人终究有缘无分。即将出嫁的小若不慎引燃烛火，可在那一刻她却突然停止灭火呼救的念头。 　　《GAMBO》某座山村饱受巨大的赤鬼困扰，村民不得不将少女奉献出去以求苟存。村中最后一个女孩（田村睦心 配音）在森林里遇见可怕的白熊，她诉说了心中的苦衷，而白熊却像听懂了一般杀向赤鬼的老巢。《别了武器》一伙全副武装的战士来到早已成为废墟的都市，他们高度戒备，全力备战，只为围捕一辆无人驾驶的战车。

《机器人嘉年华》荒芜穷困的沙漠村落，一幢标着“机器人嘉年华”的庞然大物突然出现，绚烂的烟火和奋进的音乐伴随着阵阵欢呼声，共同展开了对人类的杀戮；《弗兰肯德齿车》电闪雷鸣，风雨交加，阴森古堡，疯狂的科学家制造的机器人即将苏醒，但是意外突然发生；《DEPRIVE》入侵的外星机器人虏走了可爱的小女孩，她的机器人伙伴发誓闯入敌营救出女孩；《PRESENCE》他拥有富足的生活，却忍受着压抑的婚姻，于是渴望造出一个完全听命于自己的机器人少女；《星光天使》游乐场内，突然失恋的女孩被拾到项链的机器人带入虚拟世界玩耍，经历了前所未有的大冒险；《云》一个机器人少年独自行走，身边的云朵变化万千，如梦如幻；《明治文明奇谭—红毛人来袭卷》一个疯狂的西洋科学家操纵者机器人登陆明治时期的日本，日本年轻人则造了一个木桶机器人迎战；《庭鸟男与红脑袋》醉酒男子无意中闯入机器人统治的街区，他将经历惊险恐怖的一夜。