寒冷的北海道钏路，可爱的高一新生高桥七美（ささきのぞみ 配音）刚刚入学便结实了英俊帅气被全校绝大多数女生喜欢的矢野元晴（矢崎广 配音）。从最初的心存反感到后来的神思牵挂，七美对元晴的情感也悄悄发生着变化。可是，元晴似乎藏着难以为人道的孤独和忧伤。原来他曾有一个相互爱恋的女友山本奈奈（ゆりん 配音），但是一场事故夺去恋人的生命。终于有一天，七美鼓起勇气向元晴表白，元晴也向这个单纯执著的女孩打开心门。从这一天起，这对恋人以及他们身边所有的好友开始经历着一段交织着苦乐辛酸的青春爱情之旅…… 本片根据小畑友纪2004年荣获第50回小学馆漫画赏少女部门嘉奖的少女纯爱漫画《我们的存在》改编。

故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。 在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。

故事的序曲从国中一年级开始。长相乖巧可爱的少女吉冈双叶（内田真礼 配音）不擅长应付男生，总觉得男生很讨厌，唯独隔壁班的田中，在她眼中是一个特别的存在。然而，和田中的青涩恋情还没开始，就随着他的转校而凋谢。 　　转眼间，双叶已经是高一学生。因为国中时曾经被班上的女生排挤，她决定伪装自己原本的样子。 在一个平常的课间，她意外遇见一个长得很像田中的男生，他的身高和声音都跟国中时相差很大，这个叫马渕洸（梶裕贵 配音）的男生究竟是不是当年那个腼腆秀气的田中？ 　　砰然心跳，稚嫩青涩的闪烁青春，已经拉开帷幕。