《北洋残案》主要讲述了民国那个时局动荡的时期遗留的数件民间残案，由一起“百尸渡河”引发百年历史的秘密即将被揭开，破案过程更是突破以往常规。本片由不同故事组成，以单元性破案为主环环相扣，玄幻、冒险、悬疑，整体营造神秘而又紧张的故事气氛，剧情烧脑吸引人去一探究竟。

穷书生江流被捉妖大师钟无敌临危受命，担负起斩妖除魔拯救人间的使命。在斩妖除魔的路上，小蛇妖无言一路跟随江流，无言为了保护江流深受重伤，两人感情急剧升温，最终江流成长为一代捉妖大师，为了拯救深陷困境的无言，牺牲了自己的性命。

雍正皇帝严暴治政，为巩固政权，建立粘杆处、血滴子等特务组织为其探查官吏与民众有异心者实行暗杀，也有数以万计无辜人士受此牵连被发配到东北最为苦寒之地。相传此处曾是蛮荒之地，后有六个兄弟来此定居，满语“六言宁古，个言塔”，故后人称此处为宁古塔......

少年时的秦牧川与传送过来的幼年形态苏杭相遇，开始了他们的羁绊。成年后，秦牧川梦想加入火种科技，但遭受失败并且经济压力巨大，通过代练《幻界》去赚取生活费和逃避现实。苏杭一直寻找秦牧川，某天敲开了他家的门，但秦牧川并没有记起苏杭是谁。就在二人短暂重逢不久，游戏世界穿越到了现实，异种入侵，二人开始了逃生旅程。 在过程中，二人的情感逐渐升温，背后的秘密也逐渐浮出水面。因为苏杭的穿越，导致未来逆反人类的星创提前诞生，并且启动和操控这个游戏。在未来，秦牧川是反抗军领袖，因为掩护苏杭牺牲。苏杭接受任务穿越到当代，要求培养训练秦牧川并带回未来。但苏杭并不愿意，只想在这个时代守护秦牧川。最后，苏杭牺牲自己与星创自爆，秦牧川活了下来。秦牧川因为救了火种科技领袖杨一，得以圆梦加入。为了复活苏杭，秦牧川开始研究星创残骸。