宇宙世纪0071。逃离Side 3的蒙佐自治共和国已经过去三年了。吉恩·祖姆·戴昆的孤儿卡斯瓦尔和阿蒂西亚与金巴·拉尔一起逃到了地球，并在提阿波罗·马萨斯的家里避难。他们现在以爱德华和赛拉的名字过着平静的生活。然而，他们却再次成为了目标……

人称「红色彗星」的吉翁公国军王牌驾驶员夏亚·阿兹纳布尔，以及他的妹妹塞拉·玛斯。以决定两人命运的悲剧之始为背景，掌握Side3实权并统率公国的扎比家，兰巴·拉尔与黑色三连星等在「一年战争」中活跃的吉翁军名将们年轻时的勇姿，改变战况的人型机动兵器「机动战士」的开发秘闻，与地球联邦军之间的摩擦以及开战经过……等等这些「一年战争」以前的故事，初次以影像形式展现出来。

在黎明叛乱之后，夏尔前往地球并遇到了一个名叫拉拉苏妮的拥有神秘力量的女孩。 与此同时，阿姆罗的父亲 Tem Ray 正在从事 RX-78 开发项目。得知吉翁机动战士开发的核心人物米诺夫斯基博士的叛逃后，他前往月球。历史上第一场机动战士之间的战斗在月球表面的暮光地带展开。 接下来是宇宙世纪0079，距离地球最远的宇宙都市SIDE 3以吉翁公国的名义对地球联邦政府发动了独立战争。 一个暴力动荡的时代开始了，其中一半的人口将被杀害......

《机动战士高达 THE ORIGIN》系列的第6作。继续讲述了因父亡故而变成孤儿的卡斯巴尔与阿尔黛西亚，在动荡大时代的洪流之中，面临的又一场人生巨变……标题中的“赤色彗星”便是夏亚·阿兹纳布尔的称号。由于夏亚的机体无论是扎古、大魔，还是后来的沙扎比等都是红色的，夏亚操纵 这些机体风骚地驰骋在战场上，故被敌人称作“赤色彗星”。

亚里安（中原茂 配音）本是普罗米修斯和潘多拉的孩子，然而潘多拉在还未生下亚里安之时就战死了，普罗米修斯拼尽全力才让亚里安有了降临这个世界的机会。之后，普罗米修斯因为盗取圣火而遭到了宙斯的处罚，亚里安辗转被德墨忒尔收养，可很快，德墨忒尔也遭遇了悲惨的命运，冥王哈迪斯趁机掳走了亚里安，令他相信自己是海王波塞冬的儿子，为了寻找父亲，亚里安踏上了旅途，不仅如此，他还发誓要杀死宙斯为自己的亲人们复仇。 　　诸神之战开始了，雅典娜作为宙斯一方，带领着地上的人民和海王展开了殊死搏斗，而亚里安则彻底沦为哈迪斯利用的工具。

西元2003年5月，金星相隔3千年后再度与巨大冰状行星冲撞，厚实的碳酸大气层因此遭到破坏，接着地表开始产生酸性海洋，并出现了地球型的大气层。人类随即开始着手金星的地球化以及移民计划，并于2018年（金星历元年）将首批移民团送至伊修塔尔大陆，但由于金星的土地却超乎想像的贫瘠，于是人们又再度为了争夺土地而掀起战端。金星历72年，金星被分割成伊修塔尔与爱芙罗黛蒂两大自治州，第二、三批移民团也相继抵达，独立通信社记者，苏珊．索玛兹亦是其中之一。此时，让金星的人们最感到热衷的就是在爱芙罗黛蒂的首都．伊娥市所进行的机车大赛“绕圈赛”；参赛车队之一的“杀手突击队”在蜜兰达的领导下，希洛、玛姬等人也都有相当优异的表现。某日在比赛的途中，突然出现了数百辆的伊修塔尔重型战车“章鱼”，伊娥市因而遭到占领，希洛等人也遭受到了迫害，后来“杀手突击队”的这群年轻人终于挺身而出，试图抵抗这群侵略者。拯救了希洛的爱芙罗黛蒂军游击队“猎犬”队长．卡兹上尉，送给了希洛一部特殊机车武器“猎犬”。在不安与绝望之中，希洛、玛姬、蜜兰达等人也接连地被卷入这场战争……

宇宙世纪（U.C.）0068年，慕佐自治共和国的吉恩‧兹姆‧戴肯在发表独立演讲时猝死于众人面前，引发风潮。受困于此的戴肯家兄妹在经历一系列变故后自宇宙都市逃往地球。

在贾布罗之后，联邦军计划采取行动夺取吉翁攻击部队的总部敖德萨。白基地前往贝尔法斯特补给。但是，White Base 收到新订单；前往被称为“不归岛”的岛屿。

进入破碎机委员会的故事，这是一群粗犷的人，以从运输到地球化以及介于两者之间的任务而闻名。在太空探索的早期，破碎机承担了摧毁小行星和定义太空通道的工作。工作，他们被昵称为“Crushers”，最终成为他们的商业绰号。尽管 Crusher 的工作性质粗糙且准备就绪，但他们遵守一些坚定的规则。不道德和非法的任务是禁忌，任何接受 Crusher 的人都会被禁止加入联盟。当然，这给那些试图欺骗破碎者接受误导性任务的阴暗客户带来了问题。他们知道，一旦联盟接受了一个案件，破碎者就有责任完成它。委员会享有盛誉，在Crusherrs，最精英的团队是由 Crusher Dan 和他的继任者 Crusher Joe 领导的团队

《机动战士高达 The Origin》系列第五作“鲁姆战役篇”主要聚焦的是夏亚成名之战鲁姆战役，夏亚在鲁姆战役开着自己的红色涂装专用扎古以三倍速度击沉了联邦军的五艘战舰，之后夏亚也就有了“赤色彗星”的称号。