某个乡村小镇。最近这个城市发生了很多不可思议的事件。来到那里的妖怪幼儿园的孩子“阿·阿·阿·的新之助”和他的父亲、妖怪“蛋蛋爸爸”。据说他正在寻找离家出走的母妖怪“凯兹大欧巴”。镇上的小学生“樱富绘”被突然出现的神秘妖怪袭击的时候救了出来。这两个人的相遇，是小镇宏伟妖怪事件簿的开始。

主人公游城十代在前往决斗学院的入学考试途中，与传说的决斗者武藤游戏相遇，并接受了武藤游戏的一张卡片。但是十代最终迟到并错过了考试。为此十代恳求克洛诺斯教授让他通过考试，并由此展开了决斗者之路。