故事的背景设定在公元2257年，人类已经突破光速，开始大规模星际旅行及在太阳系附近殖民，与多个外星文明接触并有贸易联系。一天，一艘地球联邦的星际驱逐舰在探索未知星际空间的时候遇到一艘不明星船，因为误判对方意图而先敌开火。对方叫明巴利外星族（Minbari），比人类早进化发展几千年，其技术人类无法望其项背。不巧的是地球星船孤注一掷先敌开火的时候把灰色議會議長杜哈的给干掉了（那位老兄其实知道按大设计蓝图，明巴利必须与地球人联合并融合，这次到这里也不是闲逛，而是准备与地球人第一次亲密接触）。于是明巴利对地球开战，摧枯拉朽所向披糜，在对地球本土最后一击的过程中，明巴利却突然停止进攻并宣布投降。总之，停战后地球出资在中立空间建设“巴比伦空间站"，致力星际交流、谈判及和平合作。前面四座都被摧毁或莫名其妙消失，于是有了巴比伦5号。巴5军头Sheridan和明巴利大使笛嵐（Delenn）带领众喽罗，联合火星殖民地抵抗力量反对地球联邦通过谋杀政变而上台的独裁总统，联合各外星文明反击神秘黑暗种类——影族（Shadows），向佛隆人（Vorlon）说不，最终走上独立自主自力更生的发展文明道路。

2259年初，约翰·谢里丹上尉接替辛克莱成为车站的军事总监。他和指挥人员了解到，圣地亚哥总统之死实际上是副总统克拉克策划的暗杀（他在圣地亚哥去世后担任总统）。巴比伦5号指挥部和Psi军团之间发生了冲突，Psi军团是一个越来越专制的组织，负责监督和控制人类心灵感应者的生活。指挥官伊万诺娃，空间站的二把手，秘密地是一个潜在的心灵感应者，他非法避免在Psi军团注册。

一个小殖民地受到暗影的攻击。这里是游骑兵训练基地的所在地，马库斯·科尔前往巴比伦五号寻求帮助。谢里登和德伦开始执行一项任务，帮助新建的白星游骑兵队。与此同时，地球部队派出一名代表去寻找有关摧毁凯弗中尉的飞船的更多信息。

2261年，沃隆人加入了阴影战争，但当沃隆人开始摧毁他们认为受到阴影“影响”的整个行星时，他们的战术成为联盟关注的问题。被这一事件的转折所困扰，巴比伦5号招募了其他几个强大而古老的种族（第一个种族）加入他们的事业，对抗阴影和漩涡。约翰·谢里丹上尉在逃离兹哈杜姆后返回空间站，但代价是：除非生病或受伤，他只剩下20年的生命了。与他同行的是一位名叫洛里安的神秘外星人，他自称是银河系中最古老的有知觉生物。

在美国旧金山有一座名为“阿尔卡特拉兹”的监狱，在那里，关押着来自世界各地的冷酷凶残的重刑犯。尽管有最坚固的墙壁和最先进的监控系统，但越狱和暴乱的危机依然时刻笼罩在监狱的上空，对于守卫人员来说，每一天的工作都意味着巨大的压力和危险，只要有零星的一丁点儿火星出现，就有可能酿成无法挽回的悲剧。最近，一个“新朋友”的到来引起了大伙儿的注意，不过，大家更感兴趣的，是这位朋友究竟将他抢劫来的巨额黄金藏在了什么地方。萨沙（史蒂文·席格 Steven Seagal 饰）是一名FBI密探，他被安插在监狱中，时刻追踪黄金的动向。在一个充满了罪犯的封闭空间里，一场恶战即将拉开帷幕。