在第一季结尾中，Jaha自愿留在太空中，换来方舟部分人成功降落到地球上的好消息。但百子们却在成功引爆驻地打败地表人后，被抓到气象山的隔离区中……Bellamy和Finn也在与地表人的打斗中生死未卜。 　　而这一季的故事就从气象山、原方舟人和其他地球人种展开来。

在一个与世隔绝的密林所在，坐落着全然封闭的小镇新伯利恒。18年前，在第六个月的第六天，有六个女孩降临人间，恰恰应了新伯利恒流传多年的预言，据说当这个“666”的数字出现时，魔鬼便将从黑暗中爬出，用它污秽邪恶的手侵蚀着这片光明的土地，荼毒纯洁无瑕的女孩。转眼到了当下，当时出生的女孩除了小罗丝被妈妈扼杀外，萨拉、阿比盖尔、玛丽、汉娜等人均在长老的看护下长大。