警方为应付未确认生命体而开发了G3系统，这套G3系统是根据未确认生命体4号即幪面超人古迦的力量而设计出来，装着员是一位叫冰川诚的警员，为人真诚但略为粗犷。 警方另一部门在荒岛上发现了古代文明，并进行解码。 当未确认生命体再次出现，连G3也不是其对手时，神秘的金色幪面超人亚极陀登场，这个幪面超人是一位失忆的青年津上翔一变身，起初因未能控制而袭击G3。 　　翔一暂住在美杉义彦的家，认识了拥有超能力的风谷真鱼，真鱼更帮助翔一四出寻找他失去的记忆，并遇上苇原凉。 凉在父亲的遗物中，发现一本记事薄，当中提及之姓名却无人知晓，查探父亲死因后，竟发现自己是另一个幪面超人-矶烙使。 矶烙使是不完整的亚极陀，所以当凉变身矶烙使后会出现后遗诋。 有次他相当危险，幸得因超古代文明遗传因子而诞生的青年所救。 之后出现的未确认生命体也相继被翔一，凉以及诚所打败。

「超能力开发研究所」突然遭到无数不明生命体的攻击，研究所已经完全被破坏殆尽。 混乱中，原本在研究所中被实验的超能力者小雷（10岁）与纱绫香（12岁）趁隙逃了出来。 数月之后，不明生命体的政击再度出现，这次的目标竟然是纱绫香，翔一闻讯之后立即变身为假面骑士颛门，与G3-X一同前住救援。 突然间，G4出现了，他的出现让众人非常惊讶。 因为在两个月前，G4的蓝图被盗，它的力量强大，但是穿戴它的人往往受不了而致命，到底是谁偷走G4后又制造它？ 不明生命体的攻击到底来自何方？ 假面骑士门门，G3-X，G4与不明生命体之间的战争即将开打！！