《千禧婴孩档案》是一部里程碑式的系列片，它从2000年出生之日起，就对具有不同基因、社会、地域和种族背景的25个婴儿的成长进行了记录。通过细致入微的观察拍摄过程，本片揭示了孩子们及其家庭的非同寻常和扣人心弦的故事，反映了他们13年的生活经历并进入人生中新的篇章-青少年时期，以及最新发生的故事。13岁的年龄是人生发生显著变化的时期，孩子们现在已经进入了中学了，他们是如何应对这些转变，以及青少年心理和生理变化带来的挑战呢？最后，他们对未来10年抱有什么样的期望和梦想？

被忍者法庭绑架并与 Master Splinter 分离，海龟和人类侍僧被带到日本开始他们的训练。 他们将需要它，因为古老的邪恶正在到来。

这是一个糟糕的时刻。Splinter被监禁了。利奥死于毒药。Don和Usagi正在为自己和Daimyo的生命而战，对抗一群刺客。

经过了十个世纪，大约在198X年的某一天，阿特姆施莱德在日本收养了义女唐井(恰巧是天狗施莱德小禄崎的直系血缘传人)，并传授了她有关忍者的一切，可能是考虑到地球科技的发展让他即将可能回到太空，所以他将唐井立为自己的继承人，并告诉了她自己是外星人的一切真相。随后跟随地球上其它逃亡阿特姆的消息，阿特姆施莱德转战来到了美国，并且很快拥有了纽约市长颁发的城市金钥匙，成为纽约最大的资产家，家财万贯，同时拥有全市最高的大厦，并且控制着整个城市的黑势力。