衔接上季。忍者们离开神秘岛，但妮娅的水系元素突然失去了控制，在寻找问题之时，突然收到来自海底的一个能量波，于是闯入了水下五千英寻的无尽大海神殿，里面生活着许多海怪（莫罗匹恩人），他们被一个叫特里玛的章鱼怪领导着，但是他的儿子卡尔玛却内心邪恶，他决定用两个护身符（风暴护身符和海浪护身符）来唤醒海上巨蟒“沃杰拉”，来造出惊人的破坏力。卡尔玛为了实现计划，害死了他的爸爸并嫁祸忍者，后得到两个护身符，唤醒了沃杰拉，水淹忍者城。忍者城居民的处境十分危险。本多玛击碎卡尔玛的权杖，卡尔玛失去对沃杰拉的控制，被沃杰拉吞食。妮雅为了击败沃杰拉，不顾自身与海洋融为了一体，最终打败了沃杰拉，妮雅将海水带出忍者城，自己也留在了海水中。

由美沙子、吴大师和 Clutch Powers 率领的探险队在探索未知岛屿时失踪，忍者必须寻找他们的踪迹。

美莎子, 吴大师，和鲍尔斯的探险队失踪了！前方充满了巨大的危险 ，忍者那将开始神秘的营救任务，未知岛屿充满了惊喜。一个神秘之地 ，从未有过到达那里的地图 ，并且那里还充满了诡异和无止境的电风暴 。忍者们只能说服幸存者做他们的向导。在命运赏赐号上，他们直奔小岛！准备进入一个充满风暴，怪物，死亡…的世界！