成为斗战胜佛的孙悟空竟被怨灵蛊惑，唐三藏遭遇灭顶之灾！危急关头，孙悟空揪出怨灵源头，却发现她竟是与自己有三百年缘分的天人界女神——“幸运星”！为了找出“幸运星”黑化的原因，拯救唐三藏，孙悟空踏上了一场回到过去之旅，却最终流下了一滴眼泪。大圣之泪，为何而流，为谁而流？

唐三藏师徒取得奇经交予天庭的十六年后，世界却并没有因此变好。如今奇经下落不明，天庭派大军大肆搜寻，以天羽山之战为起点，狼妖白狼不辞万难地寻回当年取经的唐僧师徒，小队集结踏上还经之路……史上最颠覆的西游传奇便在此展开。

小学生王葆（朱祺隆）天真活泼喜欢幻想，每当在学习上碰到困难，或在课余生活中遇到麻烦时，他就幻想有一个神奇的宝贝出现来帮他轻松地实现目标。某天，王葆在钓鱼时偶遇传说中能帮主人实现任何愿望的宝葫芦（陈佩斯 配音），喜出望外，宝葫芦不但帮王葆钓到了鱼、做成高级模型、完成课外作业，还变换成各种形状令他开心。 　　王葆在学校里突飞猛进的表现令同学们大为惊诧，刘老师（梁咏琪）也改变了原来看他的目光，而宝葫芦助他在泳池中大显神威，轻易获得参加校队的机会后，他的生活更是接近完美。然而，王葆逐渐发现宝葫芦原来不分青红皂白，只懂盲目服从……

故事发生在风景秀丽的百花村，在那里，生活着一个名为马良（邵亦琛 饰）的男孩，马良虽然顽皮，却热爱画画，颇有天赋。某日，大将军（孟祥龙 配音）和小皇帝（王晓彤 配音）的到来打破了村庄内宁静的气氛，他们得知在村庄地下埋藏着价值连城的金矿，于是企图赶走全部村民，展开挖掘行动。 　　泼墨仙人（吴文伦 配音）预感到百花村将有大难，于是将神笔赐予马良，让马良利用神笔化虚为实的神奇力量，保卫村民们赖以生存的家园。小皇帝见识到了神笔的威力，想要将它据为己有。大将军设计骗过了单纯善良的马良，并且准备利用神笔，将整个村庄毁灭。

十八年前，极恶势力黑羽会潜入了老邪神西城勇的地盘，盗走了修罗面具，利用修罗面具放出魔神，老邪神为了保护城市决定摧毁面具和魔神，却发现魔神只是个婴儿，老邪神收养了婴儿，婴儿因为吸收了部分面具的力量拥有神力，别成为小邪神。小邪神最后控制了面具的力量成为老邪神的接班人，继续守护城市。

本季延续《西行纪》前一季剧情，讲述了唐三藏与师徒四人取得奇经交予天宫的十六年后，为了心中正义，再次集结成“西行小队”，重新踏上“还经”之路的故事。