在文明遭到毁灭的石之世界（STONE WORLD）里，千空决定要用科学的力量复原整个世界。而与此同时苏醒过来的有，以有着过人体力的儿时玩伴·大木大树为首的伙伴们，从零开始创造文明——

在每一个角落都被探索完毕的世界中，唯一残留的秘境——大洞穴“深渊”。不知道延续到何方，深不见底的巨大纵向洞穴，栖息着奇妙奇怪的生物们，沉眠着现在的人类无法制造的贵重遗物。“深渊”那充满了不可思议的姿态吸引了人们，并驱使人们展开冒险。如此，多次挑战大洞穴的冒险者们，陆续得到了“探窟家”的名号。 　　住在建造于深渊边缘的城镇“奥斯”的孤儿莉可，梦想着有朝一日成为母亲那样伟大的探窟家，并解开深渊的谜团。这样的某一天，莉可在探索深渊的途中，捡到了有着少年样貌的机器人…

一之濑双叶（高桥李依 配音）是一位从样貌到个性都十分平凡的少女，将成为声优当做梦想的她最近刚刚出道，然而，惨淡的现实令双叶知道，自己和梦想之间的距离依旧十分遥远。 五岁时就已经出道，至今已有十年艺人资历的可靠少女小花铃（高野麻里佳 配音），同样是新人，想要向偶像派声优发展的萌咲莓（长久友纪 配音），某日，在某部动画的试音工作室中，双叶和这两名少女相遇了，相同的趣味让三个单纯可爱的女孩很快就走到了一起，成为了相互依赖的挚友。尽管到达梦想乡的道路崎岖，但只要有了朋友们的陪伴，这一路亦会增加许多幸福和快乐吧。

故事发生在科技飞速发展的未来世界，彼时，人工智能机器人早已经不是罕见之物，正慢慢地融入人类的生活之中。高考落榜之后，十八岁的青年水柿司（内匠靖明 配音）在父母的帮助下来到了SAI社工作，SAI社的主要产品即是名为“Giftia”的人形智能机器人。 水柿司被安排到了终端部门工作，来到办公室后水柿司才发现，这个部门的主要职责竟然是回收即将报废的机器人。在这里，水柿司结识了名为艾拉（雨宫天 配音）的少女，她其实正是一名机器人，艾拉外表冷漠不善言其，却有着意外可爱的一面。就这样，水柿司和艾拉成为了工作中的搭档，两人之间渐渐产生了真挚的友谊。

全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年。拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！