在都市内出现了连续女性被杀事件。经警察调察，犯案者是异形怪物，而主角·风祭真因为一直发着相关事件的梦而备受困扰……风祭真的父亲是遗传学研究所里的科学家。而真则自愿成为了研制不治之病的实验品，但却被疯狂的科学家·鬼塚实行的现阶段最危险的生化实验·Lv3的遗传因子操作实验而变成了生化战士：真·假面骑士。但鬼塚最大的目的就是要将真供幕后BOSS·“财团”作为军事武器。真最后逃出了『财团』的魔掌，并且与“财团”的超级改造战士·豪岛展开生死战！

也是金属英雄昭和最后一作，本片以户隐流忍者磁雷矢与妖魔一族争夺秘宝帕科为主线，同时片中也登场了各种各样来自世界各地的忍者。因为前作打切的关系，本作初期的拍摄非常之赶，所以部分场景显得较为简陋，不过到了后期得以改善，本片重新启用了巨大机械的设定，并获得了一定的好评，总体而言是部不错的作品。值得一提的是，本片中提到的户隐流是现实中确实存在的忍者流派，而出演户隐流掌门，磁雷矢养父山地哲山的初见良昭同样也是现实中户隐流的掌门，而影片中他的弟子也多有登场，片中所出现的不少忍术也都是玩真的。