在百子成功渡过地表入侵，山地基因危机，Ari智能危机以及天幕辐射危机的5年后，天空人和小oHeda领导的地表人又回到了地面。 　　在重建家园的时候，意外发现大战前美国国防建立的海底智能化基地由于备用供电终止，浮出水面。 　　在探索后发现，基地并没有幸存者。 　　在修好了供电设备后，天空人进入了海底基地的控制系统，原来这是在冷战时期就开始研发的太空战基地，之所以修在海底是为了安全和保密。 　　海底基地可以接入还在运行的军事卫星，意外发现美国已经偷偷和宇宙的神族文明取得了联系，神族文明的外交舰队已在百年前出发，现在已进入银河系的边缘。 　　神族文明发现地球文明已经不复存在。

一小群人在收到蒙蒂的信息后仍心有余悸，前往探索这颗神秘的新星球。回到母舰上，Wonkru 的几名成员面临着他们决定的后果。

Clarke虽然击败了人工智能A.L.I.E.，但却面临一个无法战胜的新敌人——地球第二次毁灭。部分人相信末日即将到来，于是向所爱的人寻求慰藉；部分人不愿向命运屈服，发誓要战斗到最后一刻；部分人已经厌倦了战斗，他们宁愿什么都不做；还有部分人决定找个人做替罪羊。Clarke不仅与被洗脑的光之城追随者发生矛盾，还遇到许多新地表人，包括Ilian（Chai Romruen）——他坚信高科技是引发地球再次毁灭的主要原因，而天空人应该为技术的再次出现负全部责任。他在受A.L.I.E.控制时做了一些可怕的事情，他将尽力确保那些事情不再发生。Bellamy很担心Clarke，他不止一次对Clarke表示：不要事事都自己承担，也让别人为你分担一点责任吧。