好不容易才走到在那秘境上耸立的「战士之颠」的2位青年，凯(石黒英雄)及Jagras Juggler(青柳尊哉)，向能够看清拥有优秀资质之人并授予成为「光之战士」力量的眩光伸手。光选择了凯，得到圣剑Orb Caliber的凯成为了奥特曼欧布。

经过长时间的休整，治疗眼伤的濑文焚流终于随着当麻）重返阔别已久的未详，只是此时来自公安部公安五课的市柳和吉川握得实权，令濑文等人颇为气闷。与此同时，在市井算命的觉被一掌握瞬间移动能力的黑衣男子射杀，同时遇害的还有觉的保镖以及几名无辜市民。父母双双遇害而作为幸存者并且目击了黑衣人真实容颜的少女久远望便成为对方追杀的目标。为了保护小望，未详同仁通力合作，并持续追索黑衣人的真面目以及其背后的阴谋。在此期间，当麻也展示了其不为人知的SPEC。一场斗智斗勇的战斗拉开了序幕…

天正三年（1575年），一代枭雄织田信长（椎名桔平 饰）离天下霸主的宝座更进一步。为了彰显其威严，织田决定在安土修建一座象征天下统一、前所未闻的宏伟城池——安土城。皇宫工匠冈部又右卫门（西田敏行 饰）及其门徒接下这一艰巨的任务，他为此潜心钻研，勾描画样，用心设计，丝毫不敢怠慢。与此同时，建造了金阁寺的池上五郎又卫门和曾担当奈良大佛殿建造的中井孙太夫以参与这项工程设计的角逐。冈部凭借独特细心的思考和设计赢得织田的信任，得以主持安土城的建设。在接下来的三年里，他和门人奔波操劳，殚精竭虑，更在乱世中经历着常人难以忍受的生离死别，只为让那座倏忽即逝的梦幻之城屹立人间……

高田玩具店老板的独生子小刚（樱井翔 饰）秉承了父辈的基因，发明出可以用来战斗的巨型机器狗“小狗侠汪汪”。他和女友小爱（福田沙纪 饰）组成正义的“小双侠”，为保护世界和平不断努力。他们的主要对手是杜伦布贼党，分别由女贼头多龙芝（深田恭子 饰）及其一胖一瘦两个随从童兹拉（小林剑道 饰）和波亚基（生濑胜久 饰）组成。多龙芝效力于盗贼之神骷髅贝，他们奉命四处寻找传说中可以实现任何愿望的骷髅石碎片。 　　少女翔子（冈田杏理 饰）的父亲海江田博士（阿部隆史 饰）是一位考古学家，他在寻找骷髅石的过程中突然失踪。从翔子那里得知详情的小双侠为阻止骷髅贝灭亡世界的阴谋，与多龙芝一众展开连番精彩激烈的战斗……

看似和一般女生没什么区别的高中生星野春（福田沙纪 饰），实际上却有着一个巨大困扰。她是IS，即所谓的双性人。在上高中之前，她一直作为男生生活着，性格也颇像男孩。但由于户籍上填得是女生，梦想成为糕点师的星野春不得不依据学校的规定，穿上了女生的校服，做起了女孩。觉得别扭不自在的春在新学校，闹出了不少尴尬的事；结识了新朋友，同样是IS患者的相原美和子（刚力彩芽 饰）；也第一次对男生，即学长伊吹宪次（井上正大 饰）脸红心跳。不知所措的春对这些心理和生理的变化，起初是排斥的态度，但在一系列事情中，春慢慢了解和接受自己……

掌控日本国家未来的御前会议上，众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”，神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后，暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）负责。调查途中两人接到志村美玲（福田沙纪 饰）的求救电话，赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明 饰）不期而遇。当麻将美玲带回未详系，原本已经死去的阳太/一十一（神木隆之介 饰）竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手，当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。 在阳太的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现，黑暗降临的未来是否终将无法避免？

2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年。在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事件特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接领导。此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事件和所谓的SPEC持有者有着极为密切的联系。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪聘请神秘SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），企图阻挡神秘的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。 SPEC宏大篇章自此拉开序幕，决定世界命运的重大事件也进入了倒计时……

生于大财团的孪生姐妹花和辻摩子（武井咲 饰）和仓沢五月（武井咲 饰）自襁褓便被分离，从此走上了不同的人生轨迹。留在大财团的摩子长成为白天鹅般高雅却没有自我的千金大小姐，流离在外的五月则早早学会了为谋生不择手段。 　　在宿命的轮转下，想要摆脱束缚的摩子找到了被卷入杀人案的五月，不知情而又相互羡慕的两人约定互换人生。摩子扮演起了身负命案却活得随性的五月，不仅要在荆棘丛生的道路中求生，还要设法消除警部刑事弓坂圭一郎（桐谷健太 饰）敏锐的质疑；与此同时，代替摩子回到尔虞我诈大家族中的五月正如鱼得水，外祖父却突遭暴毙，五月也因此与奉命调查此案的弓坂再次相遇。三人的命运因围绕在姐妹花身边诸多的案件缠绕在了一起，等待在这些案件前方的真相会是什么？