因为在风祭流传着未确认生物的情报，以及超自然的现象之类的似真非真的传闻。瑚太朗向超自然研究会的部长，千里朱音的求助，于是展开了涉及到瑚太朗认识的学生们的调查。对于瑚太朗来说，原本只是抱着一点冒险心态而已。只要能和热闹的伙伴们一起度过的话，这样就足够了。但瑚太朗还没有注意到，他将要探求那无人知晓的“真实”。

成熟稳重彬彬有礼的大宫忍（西明日香 配音）、来自英国的留学生少女爱丽丝（田中真奈美 配音）、个性认真智商过人的小路绫（种田梨沙 配音）、活泼开朗大大咧咧的猪熊阳子（内山夕实 配音）、呆萌可爱娇小可人的九条可怜（东山奈央 配音），五个个性迥异但同样善良可爱的女孩顺利的升入了高中二年级。 可是学年刚刚开始，爱丽丝就得到了一个噩耗——忍被分配到了别的班级，不再和她是同班同学了，这让爱丽丝受到了巨大的暴击。虽然不在一个班上课，但五个女孩之间的友情不会有一丝一毫的改变。时间流逝着，充满了意外和惊喜的喜剧继续上演。

大宫忍（西明日香 配音）是一位平凡的十五岁少女，黑瞳黑发，从头到尾，从里到外都是标准日本少女样貌的她，其实有过寄宿在英国家庭的经历。忍的个性成熟而又稳重，温文尔雅，但却又十分执着，有着自己的主意和想法，不会轻易动摇。 回到日本后，忍意外的收到了一封来信，写信的是名叫爱丽丝（田中真奈美 配音）英国少女，她是忍在英国寄宿家庭房东的女儿。爱丽丝告诉忍，这一次，她决定前往日本，来忍家寄宿。追随爱丽丝而来的，是她的青梅竹马九条可怜（东山奈央 配音），拥有典型外国人样貌的她实际上是混血儿。围绕着三位活泼可爱的少女，充满了快乐和温馨的校园喜剧正式拉开序幕。

曾经，来自海洋的神秘敌人“塞壬”向人类发起了猛烈的进攻，“碧蓝航线”的少女们凭借着她们钢铁般的意志与敌人奋勇作战，最终击败了对手，守护了人类。然而，随着时间的流逝，碧蓝航线内部因为理念的差异逐渐产生分化，衍生出了名为“赤色中轴”大的对立阵营。 被称为“灰色的幽灵”的最强英雄企业（石川由依 配音）、每天都迷迷糊糊但关键时刻意外的顶用的拉菲（长绳麻理亚 配音）、虽然年纪不大但成熟体贴的大黄蜂（山本希望 配音），个性好强但心地善良的哈曼（伊藤明日香 配音），面对动荡的时局，当这些少女们再一次被推上战场，会发生怎样的故事呢？

故事发生在名为三嶋崎的海边小镇之上，私立美滨学园中，来了一位名叫风见雄二（樱井孝宏 配音）的转学生，然而，让雄二没有想到的是，在学园之中只有五名学生，并且全部都是女性，就这样，在小小的高墙之中，雄二的新生活就此展开。 拥有美丽外表但性格孤僻的大小姐榊由美子（田中凉子 配 音）、个性开朗活泼，稍稍有些男孩子气的周防天音（田口宏子 配音）、倔强傲娇运气极差的松岛满（水桥香织 配音）、外表天真可爱实则有着悲惨过去的入巢莳菜（民安智惠 配音）和尽忠职守的天然呆小岭幸（清水爱 配音），五个表面看来天真烂漫的女孩，各自却有着灰暗的过去，雄二的到来能否扫清她们心中的阴霾？

公元 2062 年。地球毁灭二十年后，在一个重大的劳动自动化项目失败后，其核心人工智能阿尔忒弥斯选择了与人类抗衡。少女皇后在某基地的地下研究设施中醒来。她是人类三大守护者的幸存者之一。然而，她没有以前的记忆。建设和平军上校告诉皇后。Empress 的任务是在完成之前摧毁连接月球和地球的轨道升降机，Artemis 目前正在建造该升降机。完成后，大量在月球上产生的巨大机械力将来到地球。然而，本应成为朋友的死去的主人和强者，作为阿尔忒弥斯的爪牙的无人军队，以及邪教组织<教育机构>的笑脸都试图阻止它。皇后带着上校前往轨道升降机，各种猜测交织在一起。之后等着你的是什么……

描绘了自律式机械人偶（automata）少女们的Media Mix企划终于拉开了全新的帷幕。