剩下的 X 战警和兄弟会成员处理变种人暴露的后果，并前往 51 区拯救他们被俘的成员。X 战警现在独自生活在一个避开他们的世界里。

1899年地球遭到了火星人的入侵。火星人高二十多米，拥有先进的武器装备，即将得逞时却没有抵抗住细小的感冒病毒而最终失败。15年后火星人再度入侵地球，并且使用了更为先进的武器。

为了阻止原始兽得到行星盖亚上的神秘能源——阿古莫亚。巨无霸在白狮擎天柱的率领下，与威震天率领的机械军团展开了战斗。

在 Megatron 试图摧毁他们的一个祖先后，Maximals 被送入了时间风暴。但是帮助来自一个不太可能的盟友，她发现她和 Maximals 在同一条船上。

金和阔气伦伦自修道院领养了一名女婴，取名为蒂莉亚。小女孩渐渐长大，但是，金和阔气伦却发现她不甚合群且行为怪异。一日，一名在学校里与她向来不和睦的男同学离奇死亡...这次的意外事件引起她对灵异学颇副词研究的褓姆一乔，对蒂莉亚的注意......

汽车人和霸天虎的战斗绵亘了几个世纪都未曾结束，而他们的后代——巨无霸和原始兽，更将新一轮的战斗推向了史前时代。在寻找新能源的途中，霸王龙（David Kaye 配音）指挥原始兽通过时空跳跃来到史前地球，而巨无霸也在擎天圣（Garry Chalk 配音）的带领下尾随而至。双方的拉锯战仍在继续，不久连早已盘踞在该星球的外星人沃克人也卷入其中。而穿越时空者身上承载的未来的信息，让外星人大为惊恐，由此使得战斗更加激烈。在此之后，霸王龙发现了汽车人留在地球的战舰方舟号，为了改变霸天虎战败的历史，他们试图摧毁处在沉睡中的擎天柱。 　　攸关全宇宙命运的战斗，在远古时代提前拉开了序幕……