女演员原濑京子（酒井法子饰）和她的未婚夫石仓将志在回家的路上发生了一起车祸。自此，将志失去了意识陷入了昏迷，京子也不幸流产。但是过不久，京子仍然感觉不适，于是再去检查，竟然被告知腹中的孩子仍然正常存在！ 　　在电视台担任报道员的三浦朋香(新山千春饰)，每天晚上总是在自己的公寓里听到奇怪令人害怕的声音，于是她把男友山下典孝(堀江庆饰)叫来寻找原因。 　　剧组的拍摄依然在继续，但是奇怪的事情接二连三的发生,剧组人员的先后失踪或是时常让大家惶惶不安……

一艘隶属美国的核潜艇在关岛附近消失，后经日本方面证实该潜艇已因事故遇难，而防卫军在调查过程中竟然还在海底发现巨大生物的存在。与此同时，新泻妙高山、鹿儿岛池田湖、小笠原诸岛等地接连发生强烈的地震和人员伤亡事件，关于50年前那头大闹日本的哥斯拉的恐怖记忆相继在人们的脑中复苏。 　　BS电视台女记者立花由里（新山千春 饰）近期正与同事调查接二连三的怪兽事件，从一个神秘老人的口中得知，所谓哥斯拉其实是太平洋战争中丧生的人们的冤魂聚集而成的怪兽，核潜艇事故引起的核泄漏似乎意外将哥斯拉唤醒。与它一同苏醒的还有被称为护国神兽的巴拉哥、摩斯拉、基多拉。日本本土面临空前的灾难……