幕府时代末期，外忧内患，山河动荡，百姓生活困苦，且生命时刻受到威胁。少年心太因其善良纯洁之心感动飞天御剑流高手比古清十郎，被其收入门下学习剑法，更名剑心。

BLACK JACK》是“漫畫之神”手塚治蟲大師的代錶作之一，並且還是醫生題材漫畫的始祖，此作歷經三十餘年而人氣一直居高不下。時至今日BLACK JACK早已成為“真正的醫生”的代名詞。black jack是一个神秘的江湖医生，虽然没有正式的经营执照，但其高超的艺术却没有人能够否认。black jack生性叛逆，他不相信一切的权威，否定传统的价值标准。他以他自己的理念来行事，在那些经典权威的眼里他的世界整个都是颠倒的。 作为有自己给自己作开膛手术的勇气的人，JACK无论如何也绝不会是平庸的，只不过要看他的不凡心智和魄力，是用在何种用途上了。单单用“好人”“坏人”来形容秦博士都不合适。JACK绝非道德家,在他眼中希波拉底的誓言只不过是庸人自扰的桎梏，如果他的行事真的有所谓的准则的话,也只可能是他自己心里的准绳罢了。他臭名昭著，因为他从来不问病人身份，手术目的，只要出得起他天价的手术费，他就会全力施救。但只要是他的病人，困窘的卑微的局促的，哀伤的绝望的急切的，蛮横的霸道的无礼的，有钱的没钱的，想活下去的不想活下去的……他就一定不放弃最细微的希望抢救，即使自己以身犯险也在所不惜。对于为富不仁 的人，他是敲骨吸髓的敲诈者；对于穷人，他却能表现出他心怀慈悲的一面。实际上，很多次对可怜人狮子大开口之后，JACK不但会不事张扬地免掉手术费，还常常自己倒贴给病人，以物质，以精神，以生活的信心。但他做这一切的时候都是低调的，似乎在尽量避免别人对他感恩。因此，世人对他的态度不是尊敬，而是百口嘲谤，万目睚眦。也因此，他是孤独的，但他安之若素。名声算什么？钱财又算什么？对于他来说，钱真的只是手段而不是目的。他斥巨资买下无人的小岛，只为了保存小岛的自然风貌免遭破坏；他向来是喜怒不行于色，不过看到被周边工厂的铍污染中毒的孩子奄奄一息眼看不治的时候，望着烟囱上冉冉的黑烟，第一次表现得那么愤怒；他从来无心介入医院的权利斗争，但是知道幕后丑闻也卷入了无辜患者的时候，立即愤慨地大吼“正常的医生怎么不能承担正常的责任啊？！”他的一举一动在当时看来似乎都不啻为银光流转的手术刀，让某些人痛苦，某些人幸福，某些人芒刺在身，某些人了无遗憾.........

明治十年，剑心、弥彦、阿薰、左之助一行乘火车来至横滨，甫至此地，便因与几个骚扰年轻女子的外国士兵发生争端，且因此结识了正直的武士时雨泷魁，他们很快成为好朋友。 时政治格局仍动荡不安，诸多反抗明治的志士不断向政府机关以及外国大使馆发动袭击。而时雨正是所谓“新维新”运动的领导者，明治以前，他曾是佐幕派彰义队的领袖之一，其好友“鬼斩”高槻严达即死在拔刀斋剑心的刀下，而被他们所搭救的女孩朱鹭正是严达的女儿。 造物弄人，让这些恩怨纠缠的人以如此方式重逢。得知一切的剑心决定不顾一切阻止好友袭击政府的行动。而另一方面，野心家田母野打算借镇压叛乱分子的良机图谋不轨……

幕末时期，维新派在传奇的刽子手拔刀斋绯村剑心（凉风真世 配音）引退后，选出同样具有高超剑术的志志雄真实（池田政典 配音）继续着暗杀任务。在维新即将获得胜利之际，为掩盖种种不可告人的秘密，新政府密谋杀害志志雄。谁知全身遭到重度烧伤的志志雄却从地狱活转，怀着巨大的仇恨制定了“京都破坏计划”，他的手下网罗了四乃森苍紫、濑田宗次郎、宇水、张等一大批高手。与此同时，剑心、京都御庭番众、斋藤、比谷清十郎纷纷行动起来，朝向京都进发。一场决定历史命运的大战即将拉开序幕…… 本片根据和月伸宏的同名漫画改编。