这部电影的故事在某种程度上基于今年 3 月发布的最新游戏“樱花大战 3”的情节。虽然游戏以飞往巴黎的主角 Ohgami 中尉讲述了故事的一方面，但电影揭开了 Hanagumi 背后的秘密。大神前往巴黎，因此花组没有领导；因此这里将引入一个新角色。被大神中尉取代的是星组的前领导人，Rachette Artile——一个理性而独特的人，给花组带来了严重的问题。成员们现在与 Rachette 不和。与此同时，帝国影团受到了一些无关恶魔的威胁，一种新型的反光马机甲（由一家美国公司带来）出现并试图取代光部会。由于大神缺席而屡犯错误的花组现在面临着前所未有的危险，同时正在策划废除帝国影团花组。

又一年的夏天来临，在九能带刀（鈴置洋孝 饰）的倡议下，天道道场的伙伴们决定结伴出海旅行，谁知航行中遭遇风暴，众人最终流落孤岛。由于乱马（山口勝平 饰）和八宝斋（永井一郎 饰）的打闹，游艇的修缮工作遥遥无期。正在这时，小霞姐姐神秘失踪，最后连珊璞（佐久間レイ 饰）、小靡、右京也不见踪影。在她们失踪的现场，全部留下一只桃子。背后黑手原来是桃幻乡的幻术王子桃磨，来到小岛上的所有女孩都被掳走成为他的新娘候补。为了夺回亲人和爱侣，乱马他们注定要面临一场恶战…… 本片根据高桥留美子的漫画《乱马1/2》改编，系该动画的剧场版。

元军攻打日本之际，中国大陆的妖怪为了得到死者魂魄亦东渡日本。在这里，他们遭遇了犬夜叉的父亲斗牙王。经过一番艰苦鏖战，大陆妖怪最终被封印在斗牙王的牙齿中。 时间回到战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为了解开被斗牙王牙齿所封印的力量，玛瑙丸派随从琉璃、玻璃将犬夜叉一行人引到不归之森，并诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失，被封印上百年的力量开始复活，玛瑙丸变得愈加强大。与此同时，玻璃和琉璃分别夺去了珊瑚的云母和法师的风穴，使犬夜叉一方陷入苦战；另一方面，戈薇的意识被玛瑙丸控制，她迫不得已用箭再次将犬夜叉封印，之后更被桔梗推入枯井，穿越时空回到了现代……

这日柯南、小兰一行人来到米花市市政大厅，一场有关最新游戏“茧”的发布会正在这里召开。由于迥异于以往任何一款游戏的“茧”可能一举改变全球游戏业界的价值观，发布会吸引了代表日本上流社会的政治、财经、演艺界人士，50名游戏体验者也多是他们的后代，新一的父亲、推理小说大师工藤优作由于参与故事编写，也来到现场。这边热热闹闹，游戏的研发者兼负责人坚村却被杀于地下室。坚村死前留在键盘J、T、R上的血迹令柯南想到答案可能在游戏中，他利用优作的关系加入了体验者队伍，小兰、灰原哀等人也拿到了体验入场券。 50名体验者刚分别进入一个外型酷似蚕茧的“大型胶囊”，游戏即被自称“诺亚方舟”的人工智能控制，“诺亚方舟”称游戏将提供5个完全真实的历史场景，体验者可选择其中之一进入，被淘汰会进入休眠状态，若最后无人走到终点，他们的大脑组织皆会被摧毁，此举是为令日本社会重生。柯南一行及几个骄横无礼的上流社会公子哥进入的是19世纪伦敦的贝克街，那里杀人犯开膛手杰克正在兴风作浪，他身上正有柯南要找的答案！而优作也在现实中正对案件展开调查。

就读于私立乐园高中的日日野晴矢（三木眞一郎 配音）虽然出身教会家庭，但却是一个爱惹是生非、暴饮暴食的不良少年，当然他的骨子里充满了正义和善良。正因为如此，日日野与志愿前往法国学习绘画的男孩冈本清志朗（上田祐司 配音）、美丽善良的女孩山奈（みうらうらら 配音）以及游走于摇滚和机车之间的不良少年一条诚（有馬克明 配音）成为成为好朋友。乐园高中位处闹市中心，周边满是杀气腾腾的不良少年，日日野他们三不五时就会经历一场大战，他们的友情在血泪中得到见证，同时也结交到更多好朋友。称霸世界是日日野的梦想，他朝着这个梦想全速前进…… 本片根据漫画家梅泽春人的同名原著改编，共25话。