在19世纪的比利时法兰德斯。一天，一位修女造访了安特卫普镇的大教堂。这位修女仰望著鲁宾斯《圣母昇天》画时，记忆一下子回到了20年前…… 尼洛（Brady Bluhm 配音）是一个孤儿，和爷爷（罗伯特·劳吉亚 Robert Loggia 配音）一起生活在安特卫普城附近的霍布肯村，以帮人运送牛奶为生。一个偶然的机会，他们收养了一条被人遗弃的大狗帕奇。尼洛和姥爷过着穷苦的生活，帕奇尽自己所能帮助他们，为他们拉车进城卖牛奶。尼洛虽然贫穷，却拥有惊人的艺术天才，他心中有一个高贵的梦想，并为实现自己的梦想不懈努力。然而厄运却接连不断：因为穷富之别，尼洛被迫远离小伙伴阿洛伊斯（德比·戴瑞巴里 Debi Derryberry 配音），年少的清梦被搁浅；在世人都抛弃尼洛的时候，只有老狗帕奇和他不离不弃……

在本作舞台的2030年代世界中，被称为“西欧财阀”的巨大组织利用财力、武力进行世界规模的彻底性资源管理，所以技术以及人类的进步正停滞不前。因此表面上技术从2000年代起就没有改变。 此作的世界观与TYPE-MOON多作共通的世界观基本设定一致，但却是从TYPE-MOON多作共通世界观的1970年代派生出来的平行世界，而并不单纯是月姬和Fate等作品的未来。 在这个世界中大源的魔力(Mana)已经枯竭了。因此TYPE-MOON多作共通的世界观中的“魔术(Magi)”和“魔术师(Magus)”几乎都衰落了，魔术协会也只余下本来就不太依赖魔力的“阿特拉斯院”。

运气绝佳的小樱（丹下樱 配音）在买文具时，抽中了特等奖，去往香港的旅行。这个意外之喜让小樱极其兴奋。最后商讨出的结果就是小樱、知世（岩男润子 配音）、桃矢（关智一 配音）及雪兔（绪方惠美 配音）四人一起去香港游玩。 　　四人到达香港后，小樱捕捉到了奇怪的气息，一直尾随着四人。在追逐的过程中，小樱意外与小狼（熊井素子 配音）和莓玲（野上尤加奈 配音）相遇。四人于是被小狼带回了家作客。小樱在小狼家做了奇怪的梦，事后被小狼的母亲占卜，告知原因是因为小樱强大的力量易招引魔力，且告知小樱要警惕水。梦中的景象似乎是预告，而这次香港之行似乎冥冥之中被谁操控着……

在空地上，小夫（肝付兼太 配音）向大家炫耀现在最畅销的神秘火车的车票，胖虎（立壁和也 配音）和静香（野村道子 配音）恳求小夫也带他们去。这时，大雄（小原乃梨子 配音）急匆匆跑了过来，哆啦A梦（大山信代 配音）已经三天没回家，小夫和胖虎在一旁幸灾乐祸的笑着。晚上，哆啦A梦回来了，原来这三天他跑到了22世纪去买银河列车的车票。第二天晚上，银河列车在后山停站了，大雄和哆啦A梦开始了他们的银河之旅，车长（伊仓一恵 配音）总是笑嘻嘻，很有礼貌。另一边，神秘的生命体降落在了后山，是来自宇宙的寄居物，寄居物将自己附在人类的身体上，来操纵人的大脑，他们的目的是将整个地球毁灭掉。 在车上奇奇怪怪的事情发生不断，大雄在车厢外看到了一个忍者，小夫说看见了海盗，胖虎则看见了恐龙。哆啦A梦告诉大雄他们出现了一伙“神秘黑色影团”。遭到黑色影团的袭击后，列车在一颗行星上停下了，而冒险这才刚刚开始……

自从艾力欧走后，友枝町又恢复了宁静。无法目睹到小樱（丹下樱 配音）收复卡片英姿的知世（岩男润子 配音）找来了DV，自己弄起了特摄剧。在看录像带的过程中，小樱看到了小狼（熊井素子 配音）的影像，不经红了脸。小狼回到香港已经四个月了，距离小狼告白也有四个月了。这期间小樱一直模拟着告白，希望下次再见到小狼时，当面告诉他。 艾利欧的家被拆了后，建起了游乐园。某次小樱和知世经过时，小樱发觉了不一样的气息，追随着跑进游乐园，结果撞上了一个人，抬头一看发现竟然是小狼。原来小狼和莓玲趁暑假来日本玩。再次和小狼相见，让小樱非常紧张也在寻找表达心意的机会，但无奈都被阴差阳错的打乱。而这时，小樱发现自己的牌变少了，而牌走失的方向正是游乐园。传说中被封印的最后一张卡片，艰难的战斗，小樱能否胜利？而她是否又能向小狼成功传达心意呢？

小学生木之本樱（丹下樱 配音）是一个平凡的女孩，有一个温柔的爸爸木之本藤隆（田中秀幸 配音）和一个体贴的好友大道寺知世（岩男润子 配音）。一天，在父亲的书房中她发现了一本尘封已久的魔法书，并无意间解除了书上的封印，一只会说话的玩偶可鲁贝洛斯（久川绫 配音）出现在了她的面前。小可告诉她，自己是守护这本书的神兽，书中封印着名叫库洛牌的东西。现在，封印解除了，它要小樱成为库洛魔法师，它将协助她收复这些四处捣乱的库洛牌。隔天，小樱的班上转来了一个名叫李小狼（熊井素子 配音）的转学生，这个外表酷酷的男孩原来也是冲着库洛牌而来。 随着库洛牌的封印，越来越多的角色出现在了小樱的身边，而他们的真正目的，却还不得而知。

过去，在被称作冬木的城市曾举行过由七位魔术师与英灵参加的“圣杯战争”。 然而趁着第二次世界大战的混乱，“某位魔术师”强行夺走了圣杯—— 数十年过去，千界树一族高举那个圣杯为象征，叛离了魔术协会，宣布独立。 愤怒的魔术协会派遣了刺客，但他们却遭到了召唤出的Servant的反击。