RIDER KABUTO是幪面超人诞生35周年纪念作品，采用昔日昆虫(巨型甲虫角日语KABUTOMUSHI)的设计，配合如幪面超人555般充满金属机械感，当中新颖的战斗场面采用了有如Matrix的拍摄手法，大量CG增加了速度感及观感， KABUTO的技能及必杀，更显其更潇酒有型。 　　故事讲述涉谷被掉下的宇宙硕石毁灭，七年后出现的宇宙生物WORM四处杀害人类，纵使日本特别组织ZECT出动也徒然，成员加贺美新知道只有开发的腰带能与宇宙生物匹敌，但给拥有静头脑且身手敏捷的天道总司，取得甲虫形态KABUTO ZECTOR的控制权变身幪面超人KABUTO把WORM打败。 　　随着七年前与岩石掉下毁灭涉谷的宇宙生物WORM，基本形态为绿色的「蛹」，统一的外貌有一双手掩盖面孔，遇见过的人类便能模拟对方面貌、行为及声音，在人类社会杀害及侵略活动，纵使ZECT军事武器也未能使WORM损伤。从「蛹」进化脱皮为成虫，而外貌变化各有不同，活动及破坏能力也大大提升，并可进行超越人类感知能力的加速运动性，此现象被称为「CLOCK UP」。

1999年，坠落地球的巨大陨石夺去了整个海洋。与此同时，地球外生物WORM亦开始在世界各地繁殖。为了对抗在一瞬间支配了广泛地区的WORM，人类成立了对WORM组织ZECT。ZECT开发出幪面超人系统，投入战场与WORM展开激战，时间就在这场战争中渡过了七年。 2006年，在这个沙漠化的地球上，部分ZECT的成员因为不满组织的束缚而结成独立团体NEO ZECT，而ZECT亦开始对这群背叛者进行肃清。就在这时，天道总司，即是假面骑士KABUTO的出现，令战局产生极大变化。 ZECT总部得到一颗巨型冰块彗星正在接近地球，于是提出「天空之梯子计划」，于大气层的太空站设置巨型CLOCK UP机器，制造转移空间把彗星拉往地球，制造出莫大的水源。透过这个计划，ZECT的权力就会越趋庞大，足以支配地球。 ZECT利用连接地球和宇宙的轨道电梯发动「天空之梯子计划」，而从天道手上得知这项情报的NEO ZECT，亦决定抢夺这个计划，压抑ZECT继续增大权力。 为了组织而战的ZECT战士大和铁骑与矢车想； 为了自由而战的NEO ZECT战士织田秀成和风间大介； 为了最爱的日和而战的加贺美新，还有目的完全不明的天道总司； 以及身份神秘的黄金假面骑士。 在各人思想交错的漩涡中，假面骑士的战斗已延伸到浩瀚宇宙…