铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。

影片架构在一个充满阴影和灰暗色彩的超现实主义世界中，剧情的主角是两个没有提及名字的少年（根津甚八 配音）与少女（兵藤真子 配音）。少女随身带着一颗神秘的蛋，她花许多的时间在某个歌德式的死城里搜集各式瓶子与手工艺品。身上背着一把十字型武器的少年在某天也随着一种神秘的机械来到这个城镇。同时，巨大腔棘鱼的身影在城镇上方出现，城市里的人也成群的活过来开始用长枪猎捕这些鱼群。在少女如巨穴般的瓶子中，就像个庇护所一般，里面收藏着蒐藏品。少年等少女入睡后将那颗神秘的蛋打破。少女表现得很生气并紧跟着已经离开的少年。最后少女沉入了溪谷中死去，她口中吐出来的气泡最后都化作了一颗颗的蛋。

东汉末年，世道离乱，十常侍祸乱后宫，危及朝廷，娃娃皇帝接连遇害，外戚只手遮天，专权其上。西凉军阀董卓（滝口顺平 配音）趁机入主洛阳，戕害大臣，其义子吕布奉先（津嘉山正種 配音）更是以一当百的军神。在外则有张角（乡里大辅 配音）领导的黄巾军打着“苍天已死，黄天当立，岁在甲子，天下大吉”的旗帜掀起农民起义。世道离乱，群雄逐鹿。中山靖王之后刘备（あおい輝彦 配音）在命运的感召下，与关羽（青野武 配音）、张飞（石田太郎 配音）相逢，最终桃园三结义，加入了群雄争霸的浪潮。 曹操（渡哲也 配音）、袁绍、袁术、公孙瓒等各路豪杰相继登上历史舞台，从而拉开了三国争霸的序幕……

影片讲述了Puss、Kitty、Humpty一起偷鹅妈妈的金蛋以及保护城镇的故事。

小和尚一休生活在日本幕府时代，他勤奋好学，热心助人。一休由于天资聪颖、爱动脑筋，经常能将人们日常生活无法解决的问题聪明化解，于是英名远播。由于一休名声在外，经常就有一些需要帮助或者故意想刁难他的人会找上门来。热心的一休总是来者不拒，只要有问题相求，他总是会开动他聪明的脑筋解决问题。因此，无论是将军，桔梗店老板还是新右卫门先生总是难不到聪明的一休。一休解决问题，不仅让坏人们得到了应有的惩治，而且还会教会你很多生活中的窍门。