鲁邦正与不二子共进晚餐，突遭不明人物袭击。奔逃中，不二子落下悬崖。待鲁邦找到时，发现她已经失去记忆……

罗森是一战中意大利空军的王牌飞行员，但却被施了魔法变了一头猪。虽然变了猪，但罗森还是继续他的老本行，成了一位赏金猎人，专门打击在亚地里亚海空域作恶的空中劫匪。红猪侠一时威名远扬，令劫匪们闻风丧胆。匪徒们为了对付罗森，请来了超级飞行员卡基斯。卡基斯在于罗森对决中趁他发动机故障将其击落。罗森把飞机送到老朋友比克罗处修理时，遇上了比克罗的孙女菲欧。菲欧帮罗森修好了飞机，两人一起再度翱翔蓝天对付空中劫匪。 　　这时，卡基斯出现了，他对菲欧一见钟情。为了争夺菲欧的爱，卡基斯向罗森提出决斗。于是两人再次浴血蓝空。

20世纪后约1000年，推进到外太空的地球人在与神秘的外星人伊尔米达斯的战斗中败北，逃难的地球人绝望地回到了伊尔米达斯占领下的地球。 在这样的屈辱中，他描绘了向地球发送难民的哈洛克的大山藤一郎与埃梅拉达斯之间的命运相遇，以及与哈洛克一生中唯一爱过的女人玛雅的爱与告别。 它始于对 Harlock 氏族祖先 Phantom F. Harlock 的记忆。

人类文明进入动乱的时代，地球笼罩在战火之下，各大主要城市相继沦陷，人类四散而逃，血流成河。虽然星野铁郎（野沢雅子 配音）破坏了机械化星球，但是机器人与人类的战争仍在继续，并且人类已经到了生死存亡的危急时刻。正值紧要关头，铁郎得到来自梅蒂尔（池田昌子 配音）的信息，要他重新搭乘银河铁道999号。在一众战友的帮助下，铁郎穿过一道道火线，经过几番周折，终于登上了久违的银河铁道999号，重新开始了一段漫长、孤独而又充满惊险的宇宙旅程……