以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小光（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。

某晚景太正睡觉时，手上的妖怪手錶突然发出刺眼光芒，接着消失不见了！翌日超巨大猫型妖怪「巨大喵」出现，声称世界即将落入魔爪之中并向景太救助。为了找寻线索，景太与威斯帕及地缚喵前往嫲嫲位于毛马本村的家，遇上了神秘的「浮游喵」！他们跟着「浮游喵」一起进行时光旅行，回到了六十年前的世界进行大冒险。在那裡等待着他们的强大敌人究竟是谁？他们又能否顺利找回妖怪手錶？

小学六年级的小织，在父母车祸双亡后被经营温泉旅馆「春之屋」的外婆收养，也开始了她的小女将修行之路。少根筋又冒失的她，时常被敌对旅馆同龄之女秋野真月嘲笑。但生性乐天的小织，在旅馆里的幽灵小卖、美阳及铃鬼鼓励之下，努力地招待每位客人。是一部温暖且欢乐的女孩成长记。

被人类用基因技术克隆出来的最强宠物小精灵超梦（市村正亲 配音）带着对自我身份的疑惑和对人类强大的愤怒逃离了科研所，它宣布要对制造出自己的人类进行复仇。 已经得到了八个勋章的小智（松本梨香 配音），以成为宠物小精灵训练大师为目标而不断的旅行，他带着皮卡丘（大谷育江 配音）和同伴小霞（饭冢雅弓 配音）小刚（上田佑司 配音）刚结束了和训练家的对战，接着收到了一封神秘人的邀请函，邀请他们参加世上最强的小精灵训练家的宴会。地点是新岛宠物小精灵城，这是最强训练家的邀请。他们很痛快的答应了，小智一行人穿过了狂风暴雨的海岸终于到达了新岛。一位叫乔伊的医生带领他们来到了宠物小精灵城，介绍最强的宠物小精灵训练家出场。没想到出现在大家面前的竟然是超梦。超梦的报复究竟是什么呢，一场大战即将开始......