故事的背景始于中国古代的三国时期—— 　　王朝末年。神州中原正迎来群雄割据的时代。 　　各路英杰诸侯借着自身武力讨伐、征战并试图称霸天下。 　　在暗处的魍魉王企图扩大战乱来增强自己的力量，便盯上了这些英杰们。 　　让魍魉附着在他们身上，延长其乱世纷争，并计划着将世界上的一切全部毁灭，意图破坏其历史之平衡。 　　为了与之抗衡，名为天元的组织便派出了「魉狩队」，企图与魍魉一决胜负，消灭魍魉王的野心。 　　其中，曾在始料未及的情况下遭到全灭的魉狩六队如今再度组成。 　　被招集的队员则一个个都是各自有着特殊理由的成员。 　　身为队长与封印使的应几、净灵使的洵乔、执器使的丁研以及“鬼斩”少女的小灵。 　　彼此各自怀抱着过去的阴影，为了生存、抑或是为了守护伙伴，而奋力于斩尽魍魉。 　　本作品即是描绘着新魉狩六队的活跃、以及其成长的物语。

电视动画《银之匙 第二季》是《银之匙》系列第2期作品。 位于北海道的大虾夷农业高等学校（通称“虾夷农高”）是一所寄宿制农业高中，学生多是以从事农业作为目标的农家子弟。 新学年伊始，虾夷农高迎来了一位与众不同的学生，八轩勇吾，他从城市来到乡下，通过正常的入学考试考入农高，现就读于乳畜系一年级。他身边的同学都有着继承家业、成为兽医之类的理想，他却找不到明确的人生目标，这让他感到焦躁不安。本以为自己成绩优异，可以在考试中拔得头筹，他却发现农高的课程与普通的升学高中大大不同。此外，农高的社团均是体育系，在御影秋的鼓励下，文弱的八轩选择了马术部。 在这所拥有全日本高校最大占地面积、被壮丽的自然风光和乡村风情环抱的虾夷农高里，八轩的青春生活开始了

1989年，日本。 　　乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。