民国年间，退伍军官关博武为追寻亲弟弟关博君的下落，被卷入一场黑水帮的争斗之中，并意外得知弟弟的失踪与他正在研究的“凤凰宝藏”有关。为寻找弟弟，关博武与好战友活地图、留洋归国少爷范易之、正邪难辨的双面卧底屠涂组成队伍。众人沿着关博君“神秘笔记”中的线索，集众智破解其中的奥秘，一步一步朝着宝藏前进，并期待这一切能够解开弟弟关博君的失踪之谜……

承接上集，笔记的秘密被“夺宝团”逐一解开之际，活地图也因保护兄弟身受重伤。危机四伏之时，一位神秘老人带来的讯息竟让团队众人分道扬镳，黑水帮众匪倾巢而出，胁迫夺宝团带路进入“凤凰宝藏”，而这洞中宝物的真面目逐渐浮出……

多事的追命（郑中基 饰）、铁手（邹兆龙 饰）耍花招，撮合冷血（邓超 饰）、无情（刘亦菲 饰）这对小情人，神侯府上下正其乐融融，空气却传来浓烈的血腥味道，三里之外的城郊老宅，杀人凶案正在发生！ 　　四大名捕前往现场，奋力追凶。 　　六扇门接获消息，捕神（成泰燊 饰）也带同姬摇花（ 江一燕 饰）等前来了解案情，双方合并追查，发现此案与六扇门早前追查的几宗灭门案有牵连。 　　悬案未决，六扇门却在碑林发现了捕神的尸体，而此前正是诸葛先生（黄秋生 饰）约捕神在碑林见面，一切线索都指向了诸葛先生。为探明真相，诸葛正我回到碑林查看，没想到却碰到了一位绝迹江湖多年的老朋友。双方对峙之时，四大名捕和六扇门也相继赶到，再生枝节。六扇门将诸葛先生和无情收押天牢。 　　四大名捕群龙无首，名存实亡。此时，王爷（李子雄 饰）忽访天牢，奉皇上旨意要即刻治无情死罪。铁血大牢之内，一场权力、仇恨、爱情、友情的角力就此展开……

故事发生在唐朝末年，心存歹念的朱温兵变造反，企图谋权篡位，并且最终杀死了唐昭宗李晔，成功的取而代之登上了皇帝的宝座。大唐李氏一族遭此重创，和曾经的官府神秘组织“不良人”一起在江湖中销声匿迹，与此同时，神秘的龙泉剑亦下落不明，而龙泉剑中，隐藏着有关国库宝藏的秘密，据传，只有李氏的血脉才能够解开这个谜题。 十皇子李星云（郑业成 饰）幸运的逃过此劫难，他和师妹陆林轩（李纯 饰）一起跟着师父阳叔子过着隐姓埋名的生活。然而，当李星云和陆林轩再度踏入江湖之时，命运的齿轮开始了转动，两人遇见了通文馆少主张子凡（范世錡 饰）和侍女姬如雪（蔡文静 饰），四人结为挚友，之后均被卷入了各大帮派明争暗斗的漩涡之中。