一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。

晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量…

《宇宙战舰山本洋子》（それゆけ!宇宙戦舰ヤマモトヨーコ）为日本作家庄司卓所创作之科幻小说（或列为轻小说）系列，并先后发行了相关漫画及动画作品。在2013年2月20发售了完全版12卷（本系列最终卷），这也意味着该作连载了20年终于画上了一个句号。

大学4年级学生新谷杏奈（池田爱丽莎饰）和往常一样上课时，发现坐在隔着过道的座位上的学生目不转睛地凝视着这边。害怕了，回头想向朋友求助，大教室里的所有人的视线都转向了自己。杏奈对不寻常的视线感到恐惧，冲出教室，在走廊也能感受到全体学生的视线。急忙回家的杏奈，在街上也一个人不剩地凝视着自己。第二天也能感受到在场的所有人的视线的杏奈为了不和任何人对视而低着头，但发现了唯一一个从自己身上移开视线的同是4年级学生的城琢磨（醍醐虎汰朗）……。

也不知是过去还是未来的年代，“外星移民”早成了平凡的存在。贫穷考生真由子寄居在“荏之花”澡堂的阁楼，一天到晚三餐不继却还得养活个吃白食的外星懒虫。于是万丈波涛滚滚而来。外星小孩尼亚最大的爱好就是收集垃圾，从中回收剩余物资再造飞船。头上没有像其他外星人样生着天线，被蔑称为“低等外星人”却从未在意，在自己的曲调早活得悠哉游哉。真由子的认真清苦，真由子的胆小谨慎，在那外星小孩的心无城府面前，忽然变得意义不明。严肃刻板与大而化之的碰撞，带着轻捷的喜剧色彩，余音早又有些淡色水彩般的惆怅。

未来的某一天，人类世界堕落成充满血光、杀戮与贪婪的饿鬼道和修罗场，百年战争将所有的人间乐土摧毁殆尽，放眼望去满地饿殍，尸横遍野。少年格斯拥有极为悲惨的命运，他在乱世之中成长为一名只知道依靠手中的兵器存活的佣兵，直到他遇到了宿命中的使者——统率着实力强大的佣兵集团“鹰之团”的格里菲斯。这个有着英俊面庞和超强战斗力的男子带领他的伙伴一步步爬上世界的顶端，而格斯也从心底臣服在格里菲斯的麾下。乱世之中，他们为了各自的理想拼搏，甚至不惜将灵魂献给魔鬼。这正是人性的悲剧……

阳光明媚的一天，柯南（高山南 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们随同毛利小五郎（小山力也 配音）来到大阪，参加在当地举行的“高中生皋月杯”百人一首和歌大赛。期间，他们还见到了彼此的好友服部平次（堀川亮 配音）和远山和叶（宫村优子 配音）。就在比赛进行中途，一封爆炸预告信送到电视台，警方迅速行动起来组织疏散。疏散一半时，爆炸突然发生，结果平次与和叶被困在建筑物中。而在一连串的混乱过后，一位皋月杯相关人员的尸体突然出现在众人面前。迷离的案情再度引起柯南的注意……

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“ 使徒”的巨大生物与军队交火。

明治十年，剑心、弥彦、阿薰、左之助一行乘火车来至横滨，甫至此地，便因与几个骚扰年轻女子的外国士兵发生争端，且因此结识了正直的武士时雨泷魁，他们很快成为好朋友。 时政治格局仍动荡不安，诸多反抗明治的志士不断向政府机关以及外国大使馆发动袭击。而时雨正是所谓“新维新”运动的领导者，明治以前，他曾是佐幕派彰义队的领袖之一，其好友“鬼斩”高槻严达即死在拔刀斋剑心的刀下，而被他们所搭救的女孩朱鹭正是严达的女儿。 造物弄人，让这些恩怨纠缠的人以如此方式重逢。得知一切的剑心决定不顾一切阻止好友袭击政府的行动。而另一方面，野心家田母野打算借镇压叛乱分子的良机图谋不轨……

神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。

14年前，初号机疑似神化第一形态的觉醒带来近三冲击，使世界发生前所未有的巨变。在此之后，葛城美里（三石琴乃 配音）等NERV旧部出走，成立了反抗seele和NERV的Wille。Wille授命明日香（宫村优子 配音）和真里（坂本真绫 配音）夺回被封印在卫星轨道上的初号机和碇真嗣（绪方惠美 配音），但绝对禁止真嗣登上初号机。感受到周遭的敌意，懵懂的真嗣跟随绫波丽（林原惠美 配音）登上突然入侵的九号机，返回了千疮百孔的NERV总部。在这里，他意外重逢朝思夜想的绫波，还从父亲那里得知自己将和美少年渚薰（石田彰 配音）共同驾驶十三号机。长达14年的空白，期间的沧桑巨变和情感纠葛让真嗣不知所措。而看似温柔的渚薰为他揭开了种种难以置信的真相…… 本片为EVA新剧场版四部曲的第三部。