故事发生在美丽的小村庄村川村，时值暑期，夏纪、小周以及小清等五名小学生，在校舍里进行暑期合宿活动。为了找回失踪的宠物小兔，五人进入深山探寻，意外发现了深山里的神秘怪圈，而且还发现了一只受伤的小狗。被五人救下的小狗醒后居然开口说话，他自称是来自犬星的宇宙人，名字叫波奇，他来地球为了一种早已绝种的植物。 为了报答五人的救命之恩，波奇决定实现他们探索宇宙的愿望。于是，一个外形像小狗的外星人，以及五名小学生，展开了他们精彩纷呈的宇宙之旅。

漩涡博人（三瓶由布子 Yuko Sanpei 配音）虽然是七代火影漩涡鸣人（竹内顺子 配音）的儿子，但是他并不以父亲为荣，父子间充满了误会。博人为了打败父亲，准备拜师宇智波佐助（杉山纪彰 配音），与此同时，博人与佐助的女儿佐良娜（菊池心 配音）、三月（木岛隆一 饰）组成了小队，共同参加下影的考试。下影考试开始，博人求胜心切，不料考试途中，神秘反派大筒木桃式、金式发动了突然袭击，鸣人为了保护木叶村陷入了危机。博人开始重新认识这个父亲，和佐助、我爱罗等父亲的老朋友开始了拯救鸣人的战斗。

本作主人公冈部伦太郎（宫野真守 配音）是个患有严重中二病的大学生，自称为“凤凰院凶真”的他和伙伴们组成了“未来发明研究所”，在位于秋叶原的一个简陋实验室内进行各种古怪发明和调查。 2010年7月28日这天，冈部和青梅竹马真由理（花泽香菜 配音）一同去了科学讲义会场，在那里，他们遇见了天才少女牧濑红莉栖（今井麻美 配音）。让人意想不到的事情发生了，冈部在会馆楼道内听到一声惨叫，他闻声而至，发现了倒在血泊中的牧濑。冈部用手机短信将这件事告诉好友桥田至，这个举动，让世界都颠覆了。实验室里那个所谓的“未来道具”，竟然真的可以左右世界的进程，冈部自此成了孤独的观测者。 这一切都是命运石之门的选择。