四百年后的未来，一曾蔚蓝的地球黄沙遍野，自然环境极度恶劣。与之相伴，旧有的人类文明凋零殆尽，早先绝大多数幸存者迁往靠近地球的外太空，在名为迪瓦的设施中安顿下来。他们抛弃肉体，将自己的精神和灵魂投入迪瓦所构建的虚拟空间中，尽情享受没有丝毫痛苦的快乐。但是自称弗隆提亚·赛塔（神谷浩史 配音）的骇客让维护迪瓦网络安全的中央保安局坐立不安，为了彻底揪出这个神秘敌人，保安局派出三等官安吉拉•巴尔扎克（钉宫理惠 配音）回到地球调查。操纵先进机甲的安吉拉率先打败蜂拥而至的沙地巨虫，随后和前来接应的丁格（三木真一郎 配音）见面。两个性格全然不同的搭档一同上路，来到了弗隆提亚可能藏身的杰德小镇。 安吉拉在那里得知令人惊讶的事实，而她曾经所坚持的信念也开始动摇……

故事发生在美丽的小村庄村川村，时值暑期，夏纪、小周以及小清等五名小学生，在校舍里进行暑期合宿活动。为了找回失踪的宠物小兔，五人进入深山探寻，意外发现了深山里的神秘怪圈，而且还发现了一只受伤的小狗。被五人救下的小狗醒后居然开口说话，他自称是来自犬星的宇宙人，名字叫波奇，他来地球为了一种早已绝种的植物。 为了报答五人的救命之恩，波奇决定实现他们探索宇宙的愿望。于是，一个外形像小狗的外星人，以及五名小学生，展开了他们精彩纷呈的宇宙之旅。

在万能兵器犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人 配音）的协助下，潜入奢华无比但凶险非常的赌场“乐园”的少女露恩·芭洛特（林原惠美 配音）经过连番赌局，终于挫败技术高潮的装甲艾许雷，在筹码上百万美金的赌局中获胜，并且成功拿到藏有榭尔（中井和哉 配音）记忆的筹码。可与此同时，鲍伊德（矶部勉 配音）紧追不舍，定要置露恩于死地。随着榭尔的记忆大白天下，一切丑恶到了决断的时刻…… 本片根据冲方丁的科幻小说改编，为“壳中少女”三部曲中最后一部（前两部分别为“压缩”和“燃烧”）。

为了追踪叛忍百足，五代目火影网手（胜生真沙子 配音）命令大和（小山力也 配音）率领小樱（中村千絵 配音）、漩涡鸣人（竹内顺子 配音）、佐井（日野聪 配音）等人前往楼兰。楼兰某处地下藏有蕴含巨大能量的龙脉查克拉，很久以前被第四代火影封印。而百足的目标则是解开封印，释放恐怖的力量。经过千钧一发的搏斗，鸣人变成孤身一人，他意外来到一座繁华的失落城市，在此遭到了傀儡部队的袭击，并得到神秘木叶忍者的救助。之后鸣人邂逅楼兰女王萨拉，而围绕这个美丽的女子，邪恶的阴谋正悄悄展开。时空错乱，旧日的影像浮现…… 本片根据漫画家岸本齐史的同名原著改编，是“疾风传”系列第四部剧场版。