一个美国生物学家偷偷把珍贵的亚马逊银龙鱼带入日本，该鱼肚子里被植入了更珍贵的红龙鱼的卵巢。中途龙鱼让某华人团伙盗走，生物学家急忙聘请侦探调查，同时警方也介入了事件的追查之中。 侦探社的接线生蒲（芳本美代子饰）由于被派往追查龙鱼案件，根据种种线索显示，她来到一个工厂区内，和神秘的养鱼人夏（浅野忠信饰）相遇，对方头发凌乱，和龙鱼相伴，过着单调的生活。空荡荡的仓库里放满鱼缸，整天回荡着瓦格纳的音乐。每次有人来追杀夏，都被他轻易解决。 蒲情不自禁对他产生了情愫，但龙鱼的谜团尚未揭开。

在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。 三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……