超古代的地球曾经拥有相当高度的文明，但宇宙联盟奥可夫·马纳夫担心人类文明会破坏宇宙的和平，所以出动大军将人类文明彻底消灭。 　　时至现代，地球上已经筑起了新的文明，但宇宙联盟的威胁亦再次出现。为了人类的未来，凭借超古代文明而觉醒的12位星神战士，将担负起保卫地球的重任。

21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。

在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战结束后，人类世界迎来了长达两年的和平岁月。这一日，入间队长随同GUTS考古队来到位于南太平洋的远古遗迹露露耶，他们再次发现了业已毁灭的超古代城市以及三尊邪神的石像希特拉（婆裟羅天明 饰）、达拉姆（松田優 饰）及女领袖卡美拉（芳本美代子 饰）。入间极力反对对古迹的触动，但丝毫无法改变上层的决定，最终导致三尊邪神复活，人类再度面临危机。与此同时，圆·大古（长野博 饰）与柳濑·蕾娜（吉本多香美 饰）相知相守，即将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻，早已丧失奥特曼力量的大古，面对当前的危机束手无策。 三千万年前毁灭人类文明的遥远记忆，折磨着重新大古与迪迦奥特曼的神经……