经过长时间的休整，治疗眼伤的濑文焚流终于随着当麻）重返阔别已久的未详，只是此时来自公安部公安五课的市柳和吉川握得实权，令濑文等人颇为气闷。与此同时，在市井算命的觉被一掌握瞬间移动能力的黑衣男子射杀，同时遇害的还有觉的保镖以及几名无辜市民。父母双双遇害而作为幸存者并且目击了黑衣人真实容颜的少女久远望便成为对方追杀的目标。为了保护小望，未详同仁通力合作，并持续追索黑衣人的真面目以及其背后的阴谋。在此期间，当麻也展示了其不为人知的SPEC。一场斗智斗勇的战斗拉开了序幕…

公元 1988 年。由于一群神秘的不明飞行物的入侵，人类处于危险之中。在南海秘密基地建造的联合国太空防御舰御殿号，冒着人类的生死存亡的危险，发射升空。入侵者的真实身份是距离太阳系22000光年的球状星团和恒星Yomi的第三行星人，名叫梅西耶13。他们在指挥官赫尔的指挥下在金星上建立了入侵前线基地，以征服看起来和他们的老家星球一模一样的地球。 Goten 在与敌方 Hellfighters 多次激战后前往金星。然而，敌人的超级战列舰大魔馆挡住了他们的去路……

该系列的第三部基于横沟清史，由市川今执导，石坂康司主演。它描绘了著名侦探金田一康介的成功，他挑战了发生在濑户内海地狱文字岛的连环谋杀案。让人不禁想起盛夏孤岛的酷热的视觉美感，和让你激动得超过它的离奇事件的对比。以俳句为基础的表演技巧也很出色。 还有，这一次敢于设定一个与原作不同的罪犯，并成功地散发出市川导演版系列独有的悲惨人生图案色彩，为什么罪犯会犯罪。另外，到了系列的第三部作品中，让腋下僵硬的普通演员的演技变得更加有味道，这也是加深了吸引力的一点。

掌控日本国家未来的御前会议上，众要员商议着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLE PLAN”，神秘的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后，暗中执行猎杀计划的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）负责。调查途中两人接到志村美玲（福田沙纪 饰）的求救电话，赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明 饰）不期而遇。当麻将美玲带回未详系，原本已经死去的阳太/一十一（神木隆之介 饰）竟从容现身于她们面前。竭力压制着蠢蠢欲动的左手，当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。 在阳太的恶意煽动下，普通人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类未来的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现，黑暗降临的未来是否终将无法避免？