宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...

汗夫人计划建立一个由埃斯珀斯统治的千年王国。联邦陆军情报局局长山木要求超级战士洛克配合调查。另一方面，为了打败洛克，可汗将一个名叫杰西卡的女孩培养成一个特殊的超能力杀手，失去了她的记忆并接近了山木。杰西卡有能力中和精神力量并摧毁埃斯珀。而山木和杰西卡在不知道自己被人操纵的情况下被彼此吸引。最后，洛克和杰西卡见面了。为影院制作了流行科幻漫画“洛克超人”的“女巫世纪”版动画。