风和日丽的一天，铃木财团巨资营建的铃木塔举行了盛大的开幕典礼。柯南（高山南 配音）和好朋友们自然受邀参观。谁知一名游客突然被远处建筑发射来的子弹狙击身亡，柯南锁定凶手果断展开追击，然而对方胆大非常，公然炸毁拦截他的警车，在重重包围中脱身而去。在此之后，FBI和日本警方组成联合调查总部，经朱蒂•斯泰琳（一城美由希 配音）介绍得知，嫌疑人很可能是原美国海豹突击队狙击手蒂莫西·亨特。战功显赫的亨特曾经获得过银星勋章，但是后来被战友指控违反交战原则，射杀了手无寸铁的平民，此后他更在战场上遭遇影响毕生的创痛，人生也彻底跌入低谷。此番他以神秘狙击手的出现，显然是想想那些毁灭了他的人生的人们复仇。狙击事件接连而起，全东京陷入莫大的恐慌之中…

主人公乔万尼是一个贫困家庭的孩子，他要靠努力打工来养活被疾病困扰的妈妈。他的好朋友康佩内拉家境富裕，家中有很多书籍，他常常无私地邀请穷苦的乔万尼去他家一起阅读。有一天上自然科学课，老师拿出了银河的图片让同学们回答，当乔万尼被点到的时候，他明知答案，因为曾经在康佩内拉家一起在书上读过，但他却自卑担心答错而不敢回答，最终被一些同学耻笑。而为了保全乔万尼的面子，康佩内拉也故意对老师提出的问题沉默不答，而被老师和同学误以为连他这样的好学生也不懂。 　　在银河节的那天，乔万尼在路上遭到了同班同学贾奈利的嘲弄。贾奈利随后吆喝同学们前往河边，参加晚上的银河节水灯大会，可是乔万尼却无法参加，因为他还要回家照顾妈妈。 　　终于，他累倒了。于是他躺在山坡顶上休息。过了不知多久时间，他突然他听到一种奇怪的声音，于是睁开眼，意识到自己正在跟康佩内拉乘坐一辆在星际中的银河轨道上行驶的...

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美 配音）冷冷地注视着这一切。在相处过程中，女子非凡的身手和奇怪的言行举止让灰原哀（林原惠美 配音）对其真实身份产生怀疑。 刚刚还一派祥和的水族馆，沉浸在快乐之中的人们，根本会想到随着那名神秘女子技艺的恢复，自己马上就要被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……

就快放暑假了，小学生上原康一在放学回家的路上捡到一块大石头。他把石头带回了家，没想到用水一洗，里面竟跳出一只小河童来。小河童对他“咕”的叫了一声，于是康一就给它取名为“小咕”。 小咕会说人类的语言，几百年来他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋友，他们一起洗澡，一起吃饭，一起睡觉。而其它家庭成员也接受了小咕，小河童成了上原一家的秘密。 一天，小咕提出想回家和伙伴们在一起。康一为了让小咕了解外面的世界，悄悄把它带了出去。小咕发现环境已经面目全非，大吃了一惊，这个不适合就河童生存的地方根本就找不到伙伴。看到小咕难过，康一也不好受。他和小咕一起外出旅行，来到了还保存着河童传说的远野县。两人在美丽的大自然中找到了适合河童生活的地方，小咕愉快地在清澈的河里游了起来，康一也为它高兴。可是，在这里也怎么都找不到其它河童。康一听到村民们说“抓住一只河童能得一千万呢！”，赶忙带着小咕离开了那里。 回到家，康一讶异地撞见了一个小报记者。原来那人听说上原家养着一只河童，一定要拍照。小咕的秘密终于被大家知道了。康一的爸爸被公司勒令一定要让河童上电视。为了上原一家，小咕答应参加电视节目。然而在到场嘉宾里，它看到了一个长得很像杀父凶手的人。就在小咕被恐惧包围的时候，电视节目现场发生了意外。它拼命逃到了外面，然而无论跑到哪里都会看到黑压压的人群。 为了摆脱让它害怕的人类，小咕爬上了东京塔。夏季的烈日照得它精疲力竭。小咕俯瞰着城市，独自低语道：“哪里都找不到一个安静的地方，这里是人类的窝。我已经不行了。我要去爸爸那里……”

故事发生于东京，在全球最大体育盛事WSG即将召开之际，知名企业的高官却接连在赞助商酒会现场遭到绑架，而自新名古屋站至东京的最高时速1000km的真空超导磁悬浮列车也被卷入其中，一场牵动国际目光的重大案件就此展开。

一年战争已告一段落的三年后，基于地球联邦军重建计划而被提议的“高达开发计划”开始执行，其中的两台原型机RX-78GP01与RX-78GP02A为了实施性能测试而搬运至澳大利亚"托林顿"基地，但是吉恩残党查知此项计划，并且袭击该基地企图夺取装载有核弹的GP02A。曾经被称呼为“所罗门的恶梦”的吉恩军王牌机师阿纳贝尔•卡多少校（又译为阿纳贝鲁•卡图）成功的搭上了GP02A，但是在企图脱离的GP02A面前，新手测试驾驶员浦木宏驾驶了GP01拦阻，揭开了宇宙世纪0083年迪拉兹纷争的序幕。

一年战争已告一段落的三年后，基于地球联邦军重建计划而被提议的“高达开发计划”开始执行，其中的两台原型机RX-78GP01与RX-78GP02A为了实施性能测试而搬运至澳大利亚"托林顿"基地，但是吉恩残党查知此项计划，并且袭击该基地企图夺取装载有核弹的GP02A。曾经被称呼为“所罗门的恶梦”的吉恩军王牌机师阿纳贝尔•卡多少校（又译为阿纳贝鲁•卡图）成功的搭上了GP02A，但是在企图脱离的GP02A面前，新手测试驾驶员浦木宏驾驶了GP01拦阻，揭开了宇宙世纪0083年迪拉兹纷争的序幕。

这是一个黑白颠倒欲望横行的罪恶时代，贫富差距的急剧增大直接导致了罪恶和仇恨的火种开始暗自燃烧。在六木本俱乐部中有着一个关于“女神”的传说，传说中，只要得到了女神的祝福，便能够实现所想的愿望。前战地摄影师雑贺辰己（高田裕司 配音）正在调查一宗议员谋杀案，误打误撞之中，他得到了女神——少女天王洲神乐（斉藤圭 配音）的吻，当他因拍下了女神容貌而被追杀的时候，辰己发现自己奇迹般的拥有了不死之身，而手中的相机，似乎也有了如同武器一般的强大威力。 长久以来，神乐都遭受着母亲天王洲神泉（高岛雅罗 配音）的虐待，成为女神，更是由于被催眠之故。于是，辰己带着神乐，利用自己“写杀”的异能力，开始了一段惊险而又刺激的逃亡之旅。