在一次护送公司机密文件的途中，旭日重工的普通职员冈岛绿郎（浪川大辅 配音）遭到了名叫黑礁商会的神秘组织的袭击和绑架，机密文件亦被夺走。为了保证秘密不被泄露，旭日重工采取了消抹行动——包括文件和冈岛绿郎本人。在得知了自己被公司抛弃的消息之后，冈岛决定用自己的方式为自己谋得一条生路。冈岛向黑礁商会提出了入会的要求，并通过实际行动证明了自己的能力，之后以“洛克”之名开始全新的生活。 　　精明冷静的首领达奇（礒部勉 配音），个性刚强的双抢手薇拉（丰口惠美 配音），开朗淡泊的机械师本尼（平田广明 配音），在这些神秘人物的围绕下，洛克逐渐找到了同伴的感觉，同时，一条充满了危机与冒险的道路也在他的面前展开了。

罗阿纳普尔正在发生各种歹徒的神秘杀戮事件。莫斯科饭店调查谋杀案以报仇雪恨，来自世界各地的赏金猎人前来罗阿纳普尔领取巴拉莱卡琴提供的赏金。

本片由三段互无关联的故事组成。《她的回忆》：2092年，由伊瓦诺夫领导的太空垃圾回收飞船在返航途中接收到来自“宇宙坟场”的求救信号，特殊的是，信号中掺杂着歌剧《蝴蝶夫人》的唱段。队员汉兹与米格尔前往施救，却进入了一位歌剧演员艾娃的回忆，这些栩栩如生的回忆场景对船员们产生了威胁；《最臭兵器》：供职于制药公司的小职员田中信男拖着病体赶回公司，无意中服用了公司与军方合作的实验药品。自此信男成为了制造致命臭气的肉身工厂，对此毫不自知的信男却按照上司命令将药品样本送往东京总部，一路上引起大面积恐慌，军方不得不派出大批军队半路截杀信男；《大炮之街》：在一座由蒸汽驱动的城市中，一家三口展开了一天的生活。母亲去制造炮弹的工厂上班，父亲在炮台担任装填手，小儿子在学校里学习与大炮相关的知识。炮台不停开炮，但敌人的身影却始终没有出现…

银魂完结篇即将上演，坂田银时（杉田智和 配音）在影院抓住一个盗录的电影小偷，谁知刺眼的白光之后，他却被带到一个颇有些陌生的世界。不远处的江户，曾经的繁华早已不再，高楼大厦已变成没有人居住的废墟。原来此刻银时正身处五年后的未来，过去的岁月里，名为“白诅”的神秘病毒恣意蔓延，导致世界濒临毁灭边缘。他在荒芜的街道见到了飒爽英姿的志村新八（阪口大助 配音）和武功高强的神乐（钉宫理惠 配音）。似乎未来世界的银时当初为调查白诅而意外死亡，新八与神乐继承了他和万事屋的遗址，与一切恶徒作战。 化名阿珍的银时回到破败的街道和朋友们身边，此时他仿佛背负起改变黑色未来的重大使命……

2116年に起きた東南アジア連合・SEAUnでの事件後、狡噛慎也は放浪の旅を続けていた。南アジアの小国で、狡噛は武装ゲリラに襲われている難民を乗せたバスを救う。その中には、テンジンと名乗るひとりの少女がいた。かたき討ちのために戦い方を学びたいと狡噛に懇願するテンジン。出口のない世界の縁辺で、復讐を望む少女と復讐を終えた男が見届ける、この世界の様相とは…。

在万能兵器犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人 配音）的协助下，潜入奢华无比但凶险非常的赌场“乐园”的少女露恩·芭洛特（林原惠美 配音）经过连番赌局，终于挫败技术高潮的装甲艾许雷，在筹码上百万美金的赌局中获胜，并且成功拿到藏有榭尔（中井和哉 配音）记忆的筹码。可与此同时，鲍伊德（矶部勉 配音）紧追不舍，定要置露恩于死地。随着榭尔的记忆大白天下，一切丑恶到了决断的时刻…… 本片根据冲方丁的科幻小说改编，为“壳中少女”三部曲中最后一部（前两部分别为“压缩”和“燃烧”）。

在科技高度发达的未来世界，繁华堕落的马杜克市，醉生梦死，纸醉金迷。受万千宠爱、养尊处优的美丽少女露恩•芭洛特（林原惠美 配音），虽然从赌场经营者榭尔（中井和哉 配音）那里得到一切，但却抑制不住想要探寻自己真实身份的渴望。她的念头似乎触怒了专横的榭尔，因此惹来杀身之祸。危急之时，芭洛特得到犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人 配音）的救助，并在马杜克紧急法令09的庇护和允许下，拥有了法令禁止的特殊能力。乌夫库克希望借助少女之手，揭露榭尔一系列的罪行。对她来说，这不啻为一次凶险的旅程…… 本片根据冲方丁的科幻小说改编，为“壳中少女”三部曲中的第一部（另两部分别为“燃烧”和“排气”）。

承受着残酷命运的少女露恩•芭洛特（林原惠美 配音）与强敌鲍伊德（矶部勉 配音）进行着实力悬殊的惨烈战斗，危急时刻，号称万能兵器的犯罪搜查官乌夫库克博士（八岛智人 配音）出现，拯救了濒临死亡的芭洛特。当芭洛特再次醒来，发现自己正置身于传说中的禁忌科学诞生之地——“乐园”实验室，再次她见识了许多奇怪的发明，并了解到“乐园”和三博士的过去。经过一番追查，她终于得知榭尔（中井和哉 配音）的记忆正藏在卡西诺赌场的一枚筹码之中。为了追查榭尔的过去，芭洛特化装成赌客走入凶险的赌场…… 本片根据冲方丁的科幻小说改编，为“壳中少女”三部曲中第二部（另两部分别为“压缩”和“排气”）。