在一间朴实无华的日本餐厅中，几名食客因为对于特定菜品的钟情而建立了一种简单而深刻的心灵之交。食堂的灯又亮了，善良的老板抚慰着新食客的心灵，也让常客感到温暖无比。

小小的深夜食堂，迎来送往这个喧嚣都市内奔波疲惫的人们。他们漫无目的，或者迷失方向，却往往不经意间在这个蕞尔角落找到前行的希望。每当在工作中遇到烦心事，赤冢范子（河井青叶 饰）便穿着丧服在大街上游荡。偶然机缘，她在葬礼上结识了一名男子（佐藤浩市 饰），干涸的心田便为爱情所滋润。经营荞麦面生意的高木圣子（木村绿 饰）与儿子清太（池松壮亮 饰）相依为命，清太和年龄长于自己的木村纱织（小岛圣 饰）相恋，而一直与圣子好姐妹相称的圣子却全不知情。年逾古稀的老太太夕起子（渡边美佐子 饰）被诈骗电话骗到了东京，食堂的热心人们担心她的钱被人骗走，老奶奶则不以为意。这趟前来，她仿佛有个未了的心愿。

在一间朴实无华的日本餐厅中，几名食客因为对于特定菜品的钟情而建立了一种简单而深刻的心灵之交。 午夜钟声响起，主顾们带着辘辘饥肠和一段等待倾诉的故事走进食堂，品尝着老板端上的特制菜肴和心灵慰藉。

午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚开始营业。这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精湛的男人。虽然小店里的菜谱很简单，但是只要是客人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜爱。延续第一季的风格，深夜食堂里每晚都上演一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己钟爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的红色香肠再度登场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事……

喧嚣繁忙的国际大都会东京，红男绿女匆匆行走，为了理想、爱情、生计全速奔忙，不曾停下脚步。直到午夜十二点，他们才拖着疲惫的身体和步伐，来到了那间营业时间从深夜到次日一早的深夜食堂，品味永远和善寡言的老板（小林薰 饰）亲手烹制出来的美食。这些人中有过气的歌手、丧失创意的新人漫画家、对人性绝望的侦探、性格尖利的大阪女孩、久别重逢的同窗。他们恣意欢笑，剧本畅饮，绝望恚怒，悲伤哭泣，借着美食的香气和酒精的作用，深埋心底的百味情怀得以吐舒…… 　　本片根据安倍夜郎的同名漫画改编，是该系列剧集的第三部，山下敦弘和熊切和嘉等知名导演参与制作。

午夜12点，报时钟响起，城市的一隅，属于一家食堂的时间开始了。菜谱只有猪肉套餐，但你想吃的都可以点。这就是老板（小林薰 饰）的经营方针。特殊的风格和怀念的味道，招来了不少的客人。大家喝着小酒，吃着自己钟情的食物，卸下一天的疲惫，谈论着遇到的趣事，或是独自品味忧愁。在食物的香气里，在深夜特有的幽静和食堂内的袅袅暖意间，一出出充满人情味的故事被娓娓道来。有悲有喜，暗合着食物的酸甜苦辣。人生百味，尽在这四方食堂间。

夜幕笼罩下的东京霓虹闪烁，在城市某个不起眼的角落，充满温情的深夜食堂悄然开张。妖媚的川岛玉子（高冈早纪 饰）一脸颓唐，她的靠山不久前去世，却没给她留下分文遗产。在颓唐无助的时候，貌不惊人的上班族小初（柄本时生 饰）走入玉子的视野，他们的关系迅速拉近。乡下女孩栗山美知留（多部未华子 饰）独自来到东京，走投无路之际她在老板（小林薰 饰）这里吃了霸王餐，事后主动登门要求打工还钱，女孩因此找到了暂时的栖身地。3•11大地震让福岛灾民大石谦三（筒井道隆 饰）和来自东京的志愿者杉田明美（菊池亚希子 饰）相识。大石对后者展开狂热的追求，甚至尾随来至东京。 平凡人的小故事，在深夜食堂内交替上演……