艾德娜虽然年事已高但一直过着独居生活。一天，她的女儿凯和孙女山姆接到了警方的来电，告知了她们艾德娜失踪的消息。震惊之余，两人急急忙忙的赶回了祖宅。搜索行动刚刚展开没多久，艾德娜竟然自己又出现了。对于失踪的这几天的经历，艾德娜只口不提，大家也只能够以她换上了阿兹海默症来解释这一切。艾德娜的回归让大家都松了一口气，但谁知道悲剧才刚刚开始，回家后的艾德娜一改往日的心性，就仿佛变了一个人一样，有时候她的举动甚至让凯和山姆感到恐惧。

佩妮回到她童年的家参加阿普尔顿秀及其“世界闻名”的马铃薯比赛，她对男子一等奖支付 2，000 美元而获胜的女子奖金仅为 200 美元感到愤怒。她决心纠正这个错误。

上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。 此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。 在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。