上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

史蒂夫·艾尔文(本人饰)是澳洲的一个具有传奇性的野生动物保护者，一直为了自己的事业而奋斗不懈，顽强的与偷猎者进行体力与脑力的斗争。而这一次，他又发现一些“偷猎者”正在围剿一只野生鳄鱼。正义感十足的他勇敢出发，殊不知这些偷猎者原来有惊人的来历。他们是美国政府派来的秘密侦探，此行目的是为了一个珍贵的电子芯片。那个可怜无辜的鳄鱼就是因为误吞了它才引来这场杀身大祸的。 于是，一场各怀目的的较量在澳洲神秘的野生地带展开，同时也为我们展示了一个美丽却充满危险的澳洲风情。