上一部结尾，尼奥（基奴李维斯 饰）终于意识到自己的能力和使命，中弹复活后，变成了无所不能的“救世主”，他和女友崔妮蒂（凯莉·安·摩丝 饰），舰长墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 饰）回到了人类的基地锡安，受到人们的热烈欢迎。 此时，“母体”决定先下手为强，派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地；墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”，寻找“制钥者”，准备从内部破坏；而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题，脱离了“母体”的控制，拥有可怕的复制能力，阻碍尼奥他们的行动。

第二集中，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）没有能从内部摧毁“母体”，他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷，思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带，这个地方由“火车人”控制。墨菲斯（劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）等人知道了尼奥的情况，在守护天使的带领下， 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇，经过一番激斗，将尼奥救了出来。 此时，电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击，人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗，形势危在旦夕；尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难，到达机器城市，尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”，双方谈判并达成了协议：尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯，以换取锡安的和平。 在“母体”中，尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。

本片是一部改编自真人真事的感人电影，十分适合阖家观赏，父母可藉此向孩子传达正确的信仰态度，和行善助人的观念。剧情叙述一名年方十九的年轻人，由于教会的指派，到一个家乡无人听过的小岛去，但直到与另一处教会人员碰面，才知道自己必须学习当地原住民语言，且要在当地建立新教会。年轻人开始了他在小岛三年的传教生涯，其间不但遇到语言沟通上的阻碍，迫使年轻人必须认真面对，重新了解当地原住民的文化，也碰到过无数次人祸天灾的试炼。最后，年轻人可以回到自己的家乡，但对年轻人来说，这三年与这些原住民的相处，渐渐建立的生活习惯，却永难忘怀。本片的摄影和配乐方面的表现相当好，采光、取景、构图，无一不是经典级的水准，优美的管弦乐旋律加上片中不时出现的原住民曲调歌曲，让观赏者享受视觉和听觉的飨宴，可惜整个剧情太平淡，没有明显的情绪起伏，也让主角的成长无法真的引起观赏者的共鸣。