浮于日本一隅的和平宁静的龙宫岛——一座与日本本土隔绝的孤岛人们长年过着和平、安静的日子。 　　“你……在那里……吗？” 　　有一天，一个遥远魑魅的声音传来，紧接着美丽而又不祥的生命体fostom从苍穹之间袭来。 　　其实早在29年前，龙宫岛乃至日本就已不存在于地球的版图之上，这一切的谜团随着危险生物Festom的到来逐渐展开。一切的伪装被卸下，战火开始燃烧，这里将不再平静…… 　　龙宫岛上的少年真壁一骑在Fafner驾驶员丧生的情况下，无奈的踏上了驾驶巨人Fafner保护这块乐园的旅途。 　　是坚决保护最后的乐园？还是懦弱的逃避现实？ 　　一骑紧握好友总士的手，开始了不知终点的战斗之路……

一种名为“卡巴内”的钢铁怪物忽然出现在人类社会之中，造成了巨大的恐慌。被它们袭击过的人类，会拥有起死回生之能力，并且亦开始袭击同类。在怪物猛烈的进攻之下，人类社会很快就四分五裂，幸存下来的人们建立起了城寨“驿”，靠着彼此互通有无苟且残存。驿与驿之间，唯一能够通行的交通工具是装甲蒸汽机车。 生驹（畠中祐 配音）是一名以蒸汽锻冶为业的热血少年，他发明了武器“贯筒”，希望能够为消灭卡巴内贡献出自己的力量。一次偶然中，生驹邂逅了神秘的少女（千本木彩花 配音），与此同时，一场暴走事件的发生使得生驹所生活的显金驿彻底沦陷，卡巴内不断的产生着，生驹并没有选择逃跑，而是拿起武器，挺身而出。

主角胜，刚刚在父亲去世后继承了一笔巨款。 然而，人们正试图以任何必要的方式得到它，即使这意味着杀死他。 鸣海帮助 Masaru 在与奇怪人物战斗后被绑架。 他发现他们不是人类，而是力量惊人的木偶。 经过一番苦战，鸣海不得不承认自己不是他们的对手； 就在他开始认为 Masaru 会被俘虏的时候，Masaru 的看守 Shirogane 带着一件武器傀儡 Arlequin 从法国赶来。 卡拉库里马戏团的故事从这里开始。