铃木园子的叔叔次郎吉不甘心失败，决定再次向怪盗基德发出挑战。这位坏脾气的大叔斥巨资制造了巨型的飞船贝尔·雪利二世号，并以镶嵌有名贵宝石“天空的贵妇人”的戒指作赌注，邀请基德前来挑战，看他能否在东京到大阪的这6小时时间内完成这项困难的任务。柯南、小兰等人理所当然也接到邀请，甚至电视台的人也兴师动众前来。随着时间的流逝，双方的对决悄悄展开。另一方面，恐怖组织红色暹罗猫也登上了飞船。此前不久，红色暹罗猫袭击了国立东京微生物研究所，并盗走一种致命的病毒。

故事发生在青铜时代结束1200年之后。大陆上新兴的神圣帝国吞并了许多边远地区的土地。在受到帝国进攻的エリン岛上，举行了利用少女莉安珑作为祭品复活魔王阿隆的仪式。虽然仪式失败，魔王仍然复活了。

知名制药公司-泰达罗斯（Daidalos）的总部发生了一场爆炸案，一个少年被困在崩落的钢架中无法脱身，生命危在旦夕。此时，在以不追究无照医疗行为的条件下，黑杰克进行了一场任谁都无法想像的「外科手术」… 　　同一灾难引发了另一场悲剧：一位母亲身受重伤而全身瘫痪，为了不拖累子女，她找来有「死神化身」之称的奇利柯医生以求安乐死。另一方面，他的孩子为了救母亲，日以继夜打工存钱，希望黑杰克为母亲动手术。看着他们的身影，黑杰克不自觉想起自身的遭遇… 　　两位医师，一位要致死，一位要救命，就在秘密之岛「伊卡洛斯岛」上，黑杰克与奇利柯将展开一场生死攸关的冲击性对决。爆炸事件的内幕为何？系列史上的最大危机，正一步步向这位天才外科医生逼近！

真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的少年──对他来说，像这样的和平是普通到不能在普通的状况。 　　但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和平生活不过只是个被创造出来的假象。 　　为了取回自己的和平生活，他和同伴开始一起搭乘人类所创造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗── 　　在激战的彼端，等待着他的是……

浮于日本一隅的和平宁静的龙宫岛——一座与日本本土隔绝的孤岛人们长年过着和平、安静的日子。 　　“你……在那里……吗？” 　　有一天，一个遥远魑魅的声音传来，紧接着美丽而又不祥的生命体fostom从苍穹之间袭来。 　　其实早在29年前，龙宫岛乃至日本就已不存在于地球的版图之上，这一切的谜团随着危险生物Festom的到来逐渐展开。一切的伪装被卸下，战火开始燃烧，这里将不再平静…… 　　龙宫岛上的少年真壁一骑在Fafner驾驶员丧生的情况下，无奈的踏上了驾驶巨人Fafner保护这块乐园的旅途。 　　是坚决保护最后的乐园？还是懦弱的逃避现实？ 　　一骑紧握好友总士的手，开始了不知终点的战斗之路……

真实的眼泪是什么？动画《真实的眼泪》以几对少年少女的恋爱故事来与观众一起寻找答案。 少女石动乃绘因为童年的心灵创伤而不再流泪。以“找寻真实的眼泪”为理由，她与以绘本作家为人生目标的少年仲上真一郎相遇了。因为真一郎仰望天空，乃绘相信，真一郎一定会有真实的眼泪。乃绘开始与真一郎交往。但真一郎心中有一位终日愁容的少女，同样童年有心灵创伤的汤浅比吕美。真一郎与比吕美相互爱慕，却同时为了讨好对方而和他人交往。纠结的爱情故事，真一郎要面对自己内心的选择。

为了寻找外公乔瑟夫的私生子，空条承太郎（小野大辅 配音）来到了杜王町，名为东方仗助（小野友树 配音）的高中一年级男生正是空条承太郎要寻找的人，让承太郎没有想到的是，东方仗助拥有着和自己一样的“替身”能力。 身材矮小但拥有强大意志力的广濑康一（梶裕贵 配音），大脑一根筋但对待朋友忠诚不二的虹村亿泰（高木涉 配音），自大而又偏执的人气漫画家岸边露伴（樱井孝宏 配音），围绕在东方仗助身边的，是这些有趣而又强大的朋友和队友们，与此同时，越来越多的替身使者亦接连浮出水面。当罪恶的魔爪伸向杜王町之时，东方仗助愿意以自己的生命为代价，保护这片他热爱的土地。

原作 XEBEC 総監督 能戸隆 監督 羽原信義 シリーズ構成 冲方丁 キャラクターデザイン 平井久司 メカニックデザイン 鷲尾直広 プロップデザイン 白井瑠子 色彩設定 関本美津子 美術監督 青木薫(美峰)（デザイン）、小濱俊裕(美峰) 撮影監督 青木隆 3D監督 井野元英二（CGIディレクター） 編集 伊藤潤一 音響監督 三間雅文 音楽 斉藤恒芳、ワルシャワ・フィルハーモニー管弦楽団 音楽制作 スターチャイルドレコード プロデューサー 中西豪（EXODUSはエグゼクティブP）、須藤孝太郎、橋本龍→亀井博司、丸山博雄（エグゼクティブP） アニメーション制作 XEBECzwei 製作 FAFNER EXODUS PROJECT、MBS