白莲教徒接下满清大臣纳兰元述（甄子丹）所下的对付革命党人的命令后，在广州街头借“扶清灭洋”的口号大肆捣乱洋人的使馆、教堂等地盘，甚至连小学生也不放过，他们的举动令黄飞鸿（李连杰）、十三姨（关之琳）与梁宽（莫少聪）异常气愤。在某个医学会议上，黄飞鸿与革命党领袖孙文（张铁林）一见如故，发现革命党人对救国更具远见时，他决定帮助革命党人逃过厄运。随后，他直捣白莲教总坛决胜九宫真人，揭开迷信假像，又因奋慨国运衰竭民智末开，不惜与纳兰元述决一死战。

故事简介：清朝达固伦亲王(陈星)为称霸武林，派各路高手(洪金宝扮演其中之一）到处抢夺武功秘笈。达固伦先命金钹法王(洪金宝扮演）夺昆仑派的“大极两仪剑谱”，掌门古振风不从，力据之，无奈战败致死，其子小虎带剑谱逃跑。小虎偶遇普慧大师（超级高手，太厉害了），得其帮助，金钹法王一伙被打的屁滚尿流，但金施计弄盲普慧，剑谱被夺。金再到大风堂取“武当派记传”，杨堂主不敌战死。金后前往少林寺，假传圣旨，欲夺秘笈未果，谱慧失明后，在山上授小虎武功，望其续掌昆仑派，联合各派反清。达固伦假扮和尚亲往少林寺，施苦肉计每夜潜入藏经阁偷学秘笈。金则追杀普慧，达胁持普法与方丈交出少林三宝，小林高僧率领降龙、伏虎及六罗汉合力杀达，救回方丈，小虎亦夺回剑谱重掌昆仑派。

水师提督顾长风（于荣光饰）奉朝廷之命带领西班牙舰队探访黑木崖，过程中西班牙领队欲打开东方不败的棺木与视东方不败为偶像的顾长风发生争执。正在此时黑木崖上忽然现身一怪人（刘洵饰），可以以掌接西班牙火枪子弹。顾长风被怪人所救，却身受内伤，坚信其便是东方不败，坚持要一见其真面目 ，虽死无憾。怪人一偿所愿，让其看自己的庐山真面目，正是当年风采依旧的东方不败（林青霞饰）。顾长风告诉东方不败江湖上有很多人正在冒充他的名号为非作歹，东方不败于是决定留其性命，让他看着自己重出江湖。与此同时，东方不败旧时爱妾雪千寻（王祖贤饰）正率领着一群苗人打着东方不败的旗号与日本倭寇就海域问题谈判，雪千寻痴心不改，重组神教只是为了等待爱人归来......

东东（梅艳芳 饰）与心靖（杨紫琼 饰）年幼时得到武林高手的收养，传授她们武功望她们能长大后行侠仗义。同是孤儿的两人情同姐妹。不料心靖在12岁时被抓走，从此失去音信。东东长大后下嫁了警官刘启文（刘松仁 饰），生下女儿后当上了贤妻良母。多年来她一直向家人隐瞒自己的身份，但 夫妻俩之间却因为这样变得疏远。 当年心靖被清朝宦官陈公公抓走，用毒液洗去了她记忆后利用她的好身手干着坏事。陈七（张曼玉 饰）也是公公的手下，生性不羁，她中毒并不深，记忆不久便恢复了。她跟东东一般富有正义感但视钱如命。三人在一次偷取婴儿的争斗中相遇了，但心中的正义感令她们本来对立的角色演变成一直的方向，对付危害大众生命的女勇士。