有一天，马古路星人及孪生怪兽来袭地球。 当时身任地球防卫队MAC的队长诸星团，立即变身为赛文奥特曼迎战。 但不敌，幸得雷欧奥特曼现身相助，才合力把怪兽赶走。 　　在此战役中，诸星团因伤重而瘸腿，且损坏了奥特眼镜，便再不能够变身成赛文了。 因此，他诚邀凤源（雷欧奥特曼）加入MAC，并委以保卫地球的重任。

首先是加入了地球因为游星间的侵略战争，而成为许多异星人攻击目标的世界观。并因此导入了“地球防卫军”这样的世界规模军事机构组织，剧中也出现许多与敌对宇宙人进行谍报战描写，使作品中呈现出强烈的军事色彩，特效场景中的超兵器出动过程亦是如此。这些设定也将播映当时的冷战时代背景，特别是越战给明显的反映出来。

最强战士贝利奥斯因为渴望人工太阳火炬的力量而坠入黑暗，但他的叛乱最终被奥特之王平定，并被打进宇宙监狱…… 多年以后，被扎布拉星人救出的贝利奥斯重回光之国，打败了众奥特战士，成功夺走人工太阳火炬并到怪兽墓场去。失去了火炬的奥特之星瞬间冻结，成功逃离的就只有梦比优斯、初代和赛文。 此时，盘龙号在特顿星遭遇怪兽的袭击。在雷将怪兽消灭后，梦比优斯把雷带走，并向他求救。两人与初代、塞文会合后，便一同前往怪兽墓场……其后，盘龙号再次遭受怪兽袭击，而此次被戴拿出手相救。在杰顿星人口中得知奥特之星的灾难后，盘龙号也飞往怪兽墓场…… 另一方面，在K76行星接受雷欧兄弟特训的赛文之子·ZERO在听闻奥特之星的危机后，也动身到怪兽墓场……

奥特战士们的故乡——M78·星云“光之国”遭到神秘敌人的突然袭击，年轻战士赛罗奥特曼对自己的力量过于自信，一度陷入危机。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗奥特曼成功突围并消灭了敌人。为了弥补自己的草率，赛罗奥特曼只身一人担负起一探敌人真正身份的任务。他戴着父亲给予他的万能物品——赛罗手镯，向着未知的宇宙空间，独自踏上旅途。 在经历艰苦的旅途后，赛罗奥特曼到达了一颗行星。在拯救遭遇巨型机器人兵团蹂躏的行星上的人们时，他和身负重伤、奄奄一息的青年“岚”以及他的弟弟“小治”相遇。赛罗奥特曼被岚的勇气所感动，与他合为一体，以岚作为人类形态，拯救了岚的生命。之后，通过与行星艾斯美拉鲁达的公主艾美拉娜的会面，赛罗奥特曼知晓了敌人的真正身份……操控谜一般的敌方军团的幕后黑手，是“银河皇帝贝利亚”！曾被奥特战士们齐心打倒的邪恶奥特战士贝利亚复活了！他构筑起强大的银河帝国，展开了称霸宇宙的征程！ 与岚一心同体的赛罗奥特曼，为了粉碎皇帝贝利亚的野心，和小治、艾美拉娜公主一同乘坐宇宙飞船——皇家宇宙船，穿梭于浩瀚的宇宙之中！等待着向贝利亚银河帝国发起挑战的赛罗奥特曼和他的伙伴们的将会是……？

大古是一个憧憬着电视节目《奥特曼》中的奥特曼形象，梦想是有朝一日能成为宇宙船船长的平凡少年。 现在还在逐渐成长中，目前只是横浜市观光课的一名普通公务员。 没错，本作的舞台是和之前的昭和·平成系列毫无联系， 平行存在于现实世界中的横浜。 幼年时憧憬着成为职业棒球选手的飞鸟，现在是横浜体育场的一名球童。 阿良也作为飞鸟的同事而不断支持着他。 把“开发出大古梦想所能够驾驶的飞船”作为理想目标的我梦， 目前和敦子一同作为横浜MaliTime博物馆的实习生而奋斗着。 就在同时，为追赶超越了时间和空间的格斯拉王，梦比优斯奥特曼出现在了横浜港。 他是唯一一个知道降临在我们世界的这一切的引导性角色。 「让７名勇者再次觉醒、并一同去打倒侵略者」 出现在梦比优斯面前说着这么番话的穿着红鞋的少女究竟是？ 随着格斯拉王的出现、在山下码头也同样出现了庞敦王。 那是曾一度打败赛文奥特曼的强敌。 和在横浜体育场工作的飞鸟，在横浜MaliTime博物馆工作的我梦， 以及大古这３人相聚在一起谈论年幼时的梦想和将来的打算， 期待着未来和他们擦出的火花吧。 早田、团、乡、北斗这４人也同样只是普通的人类。 并且也分别和秋子、安奴、秋、夕子结了婚，拥有了各自幸福的家庭。 《迪迦奥特曼》第２６话《彩虹的怪兽魔境》中登场的刚力怪兽希尔巴贡， 第３６话《超越时空的微笑》中登场的超力怪兽哥尔德拉斯， 都以希尔巴贡王和哥尔德拉斯王的身份复活了。 两只都是与时间和空间有关的怪兽，出现在这个世界也合情合意。 在与未来的谈话中，大古更加确信了自己的目标。 但是当从未来口中得知「穿着红鞋的少女」时，大古曾一度淡忘的记忆再次苏醒。 还是孩子的他，当时也曾见过穿着红鞋的少女。 将怪兽召唤至这个世界的幕后元凶，地狱星人超级希伯利特星人出现了。 当他把梦比优斯变成青铜像后准备大肆破坏之时， 从未见过的奥特曼出现了， 他的名字是「迪迦」！ 昭和宇宙人和平成奥特曼激突！