蓝玲市正在面临空前危机。汉堡军团在城市街头四处作乱，破坏街道和建筑，让市民们苦不堪言，但迷你特工队却爆发了激烈的内部矛盾。这一切是由于队长福乐偶然成为了汉堡店的超级模特，难以兼顾迷你特工队的集体任务。小米与福乐为此爆发了激烈的争吵，福乐宣告退出迷你特工队，与伙伴们不欢而散。汉堡店的老板金先生更是从中作梗：“我认为好朋友之间，就应该互相鼓励支持。”在危机之际，福乐终于悔悟，重新加入战斗，迷你特工队得以再度集结并肩作战。联手击败汉堡怪物队长后，整起事件背后真正的幕后黑手也终于出现在迷你特工队面前……

在海豹镇长和企鹅教授的宣传带领下，海底社会认同了“外星人有害论”的观点。小潜艇阿力偶然遇到来地球游玩却和父母走散的小外星人Wugu，通过了解，阿力发现外星人不但不危险，还很友好。为了帮助Wugu找到父母，阿力和朋友贝贝踏上了冒险的旅程……