一天毛利小五郎收到一张请帖，里面是谜样男子的委托，需要前往横滨的一个游乐场。小五郎和柯南一行人快乐地到达欢乐的游乐场，还带上了可以出入无阻代表VIP的手表，不料正中那名神秘男子的圈套。所有带上手表的人不得离开游乐场，否则便会发生爆炸。从现在开始到晚上十点，柯南和小五郎如果不能解开谜题，兰和少年侦探团也会随着游乐园粉身碎骨。然而更意想不到的是，那名男子居然直接称呼柯南为工藤新一。

内向老实的高中生天童纯（小野贤章 配音）自幼生长在美丽舒适的京都，某天他突然遭到一个恶鬼的袭击，仓皇之中跑入一座古寺，得到了僧人源云（中村狮童 配音）的救助。俄而竟被源云带到了久远的平安时代。原来平安时代恶鬼横行，与人类展开了连番的战争。为了消灭饿鬼，源云穿越时空带来了被称作救世主的天童。在最新的战斗中，天童为救助伙伴无意中唤醒了号称能摧毁恶鬼们的八岐大蛇。偶然的机会，他和大蛇救下了被贵族追杀的恶鬼水叶，由此发现了恶鬼的真面目，而他作为救世主的信念也遭到了动摇…… 本片根据高田崇史的同名原著改编。

鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）和鹿丸三人进入深山寻找走失的雪貂，在回来的路上，他们遭到全副武装的骑士团的袭击。在激烈的对抗中，鸣人和对方的白甲头目特穆金一同跌落悬崖，两人被刚巧路过的商队所救。一路上，两个对手慢慢开始了解，继而得知特穆金要建立一个没有战争和灾难的乌托邦，而鸣人具有的神奇力量正是他们所需要的。与此同时，鹿丸则和小樱目击到一个巨型堡垒，他们发现堡垒四周满是穿着铠甲的武士。鹿丸偷偷潜入侦查，看见一群被禁锢在容器中的小孩，并听到关于吉鲁遗产的谈话。这与特穆金之间究竟有什么样的关联？ 本片为《火影忍者》第二部剧场版动画。