晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰上的绝密情报。为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力合作，与间谍展开连番斗智斗勇的较量…

研究所负责人埋木一郎又名“恶魔君”，这个天才少年是万年一见的奇才，却身世成谜。恶魔君将和搭档梅菲斯特三世一起破解一桩桩神秘案件，同时踏上寻根之旅，谱出一则另类的侦探搭档故事。

1988 年以“Maison Ikkoku Last Edition”为题拍成电影。绘图和角色设计是有意为图形小说般的触感。虽然被称为“完全版”，但除了在TV动画版中没有明确画出五代和八神关系的结论，因此在原作或动画中都无法触及之外，它已经达到了一个完整的结局。此外，它是一个额外的版本，重点是如何解决五代和八神之间的关系，并以传记作品完成。 《Urusei Yatsura Complete Edition》的同步放映更具话题性，而这部作品则是一个额外的角色。