革命历228年，冬。从属于E.U.联盟联军的W Zero部队中尉阿基德（入野自由 配音）迎来了与哥哥——布里塔利亚帝国圣米迦勒骑士团的团长信•修加•夏音度（松风雅也 配音）的决斗。成濑幸也（松冈祯丞 配音）制造的炸弹虽然摧毁了帝国1/3的战斗力，但是他们仍然面对着为数众多的对手。敌我差距悬殊，获胜希望渺茫。关键时刻，骑士团下的阿修罗队队长阿修雷・阿修罗（寺岛拓笃 配音）临阵倒戈，加入阿基德他们一方。决战前夕，阿基德剪下自己的一撮头发，交到蕾拉•玛露卡尔（坂本真绫 配音）的手中。 历经战火的洗礼，他们之间的关系悄然发生着改变。希望还是绝望，前路迷茫……

由人类改造而成的“水之星球”AQUA上，有一座著名的观光城市“新威尼斯”。15岁的水无灯里（叶月绘理乃 配音）从地球来到新威尼斯，憧憬着成为一名帅气的领航员，“领航员”的主要工作是划着凤尾舟载着游客领略水城的美景。她在一所叫亚利亚的领航公司中担任领航员工作，她先后结识了蓝华、爱丽丝等好友，还遇上被称为“三大水精灵”之一的艾丽西亚前辈。 身为“半熟手”的灯里，尽管还不能熟练地出航招待客人，但她每一天都为梦想而努力着。在水之城新威尼斯上，乐天派的灯里和她的朋友们经历着各种各样的新鲜事，从这些与地球全然不同的际遇中，灯里渐渐地意识到要成为一名出色的领航员意味着什么。

日本伊豆群岛中有一个名为六轩岛的岛屿，该岛是富豪右代宫家的私人领土，有关于该岛的流言从未停息。一条游轮正向岛屿驶来，船上乘坐的均为右代宫家族的族人，他们来到六轩岛，是为了参加一年一度的家族会议。岛主右代宫金藏（麦人 配音）因沉迷于黑魔法研究和酗酒身体早已不堪重负，族人们此行正是为了讨论他巨额遗产的分割问题而来。表面上和气的亲戚们，每个人的心中都打着有利于自己的算盘。作为次男家的独子，战人（小野大辅 配音）抬头望去，海猫在天空中盘旋，暴风雨就快要来了。 岛上发生了猎奇杀人事件，自私的族人们接二连三的以惨绝人寰的姿态被杀害，而谋杀的手段，怎么看都不像是人类所为。难道真是传说中的魔女贝阿朵莉切（大原沙耶香 配音）前来复仇了吗？怎么都无法相信的战人为了找到真相，和虚幻中的魔女展开了一场又一场的严酷对决。